BACKGROUND The prevalence of fungal disease in cystic fibrosis (CF) and non-CF bronchiectasis is increasing and the clinical spectrum is widening. Poor sensitivity and a lack of standard diagnostic criteria renders interpretation of culture results challenging. In order to develop effective management strategies, a more accurate and comprehensive understanding of the airways fungal microbiome is required. The study aimed to use DNA sequences from sputum to assess the load and diversity of fungi in adults with CF and non-CF bronchiectasis. METHODS Next generation sequencing of the ITS2 region was used to examine fungal community composition (n = 176) by disease and underlying clinical subgroups including allergic bronchopulmonary aspergillosis, chronic necrotizing pulmonary aspergillosis, non-tuberculous mycobacteria, and fungal bronchitis. Patients with no known active fungal disease were included as disease controls. RESULTS ITS2 sequencing greatly increased the detection of fungi from sputum. In patients with CF fungal diversity was lower, while burden was higher than those with non-CF bronchiectasis. The most common operational taxonomic unit (OTU) in patients with CF was Candida parapsilosis (20.4%), whereas in non-CF bronchiectasis sputum Candida albicans (21.8%) was most common. CF patients with overt fungal bronchitis were dominated by Aspergillus spp., Exophiala spp., Candida parapsilosis or Scedosporium spp. CONCLUSION This study provides a framework to more accurately characterize the extended spectrum of fungal airways diseases in adult suppurative lung diseases.

中文翻译：

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囊性纤维化和非囊性纤维化支气管扩张中的真菌气道微生物组

背景 囊性纤维化 (CF) 和非 CF 支气管扩张中真菌病的患病率正在增加，临床范围正在扩大。敏感性差和缺乏标准诊断标准使得对培养结果的解释具有挑战性。为了制定有效的管理策略，需要对气道真菌微生物组有更准确和全面的了解。该研究旨在使用痰中的 DNA 序列来评估 CF 和非 CF 支气管扩张成人中真菌的负荷和多样性。方法 ITS2 区域的下一代测序用于按疾病和潜在临床亚组检查真菌群落组成（n = 176），包括过敏性支气管肺曲霉病、慢性坏死性肺曲霉病、非结核分枝杆菌和真菌性支气管炎。没有已知的活动性真菌病的患者被包括作为疾病对照。结果 ITS2 测序大大提高了痰中真菌的检出率。CF 患者的真菌多样性较低，而负担高于非 CF 支气管扩张患者。CF 患者中最常见的操作分类单位 (OTU) 是近平滑念珠菌 (20.4%)，而非 CF 支气管扩张症患者中最常见的是白色念珠菌 (21.8%)。患有明显真菌性支气管炎的 CF 患者以曲霉属、Exophiala 属、近平滑念珠菌或 Scedosporium spp.为主。结论 本研究提供了一个框架，可以更准确地描述成人化脓性肺病中真菌性气道疾病的扩展谱。结果 ITS2 测序大大提高了痰中真菌的检出率。CF 患者的真菌多样性较低，而负担高于非 CF 支气管扩张患者。CF 患者中最常见的操作分类单位 (OTU) 是近平滑念珠菌 (20.4%)，而非 CF 支气管扩张症患者中最常见的是白色念珠菌 (21.8%)。患有明显真菌性支气管炎的 CF 患者以曲霉属、Exophiala 属、近平滑念珠菌或 Scedosporium spp.为主。结论 本研究提供了一个框架，可以更准确地描述成人化脓性肺病中真菌性气道疾病的扩展谱。结果 ITS2 测序大大提高了痰中真菌的检出率。CF 患者的真菌多样性较低，而负担高于非 CF 支气管扩张患者。CF 患者中最常见的操作分类单位 (OTU) 是近平滑念珠菌 (20.4%)，而非 CF 支气管扩张症患者中最常见的是白色念珠菌 (21.8%)。患有明显真菌性支气管炎的 CF 患者以曲霉属、Exophiala 属、近平滑念珠菌或 Scedosporium spp.为主。结论 本研究提供了一个框架，可以更准确地描述成人化脓性肺病中真菌性气道疾病的扩展谱。CF 患者中最常见的操作分类单位 (OTU) 是近平滑念珠菌 (20.4%)，而非 CF 支气管扩张症患者中最常见的是白色念珠菌 (21.8%)。患有明显真菌性支气管炎的 CF 患者以曲霉属、Exophiala 属、近平滑念珠菌或 Scedosporium spp.为主。结论 本研究提供了一个框架，可以更准确地描述成人化脓性肺病中真菌性气道疾病的扩展谱。CF 患者中最常见的操作分类单位 (OTU) 是近平滑念珠菌 (20.4%)，而非 CF 支气管扩张症患者中最常见的是白色念珠菌 (21.8%)。患有明显真菌性支气管炎的 CF 患者以曲霉属、Exophiala 属、近平滑念珠菌或 Scedosporium spp.为主。结论 本研究提供了一个框架，可以更准确地描述成人化脓性肺病中真菌性气道疾病的扩展谱。