The number of studies using third-generation sequencing utilising Pacific Biosciences (PacBio) and Oxford Nanopore Technologies (ONT) is rapidly increasing in many different research areas. Among them, plant full-length single-molecule transcriptome studies have mostly used PacBio sequencing, whereas ONT is rarely used. Therefore, in this study, we examined ONT RNA sequencing methods in plants. We performed a detailed evaluation of reads from PacBio, Nanopore direct cDNA (ONT Dc), and Nanopore PCR cDNA (ONT Pc) sequencing including characteristics of raw data and identification of transcripts. In addition, matched Illumina data were generated for comparison. ONT Pc showed overall better raw data quality, whereas PacBio generated longer read lengths. In the transcriptome analysis, PacBio and ONT Pc performed similarly in transcript identification, simple sequence repeat analysis, and long non-coding RNA prediction. PacBio was superior in identifying alternative splicing events, whereas ONT Pc could estimate transcript expression levels. This paper made a comprehensive comparison of PacBio and nanopore-based RNA sequencing of the Arabidopsis transcriptome, the results indicate that ONT Pc is more cost-effective for generating extremely long reads and can characterise the transcriptome as well as quantify transcript expression. Therefore, ONT Pc is a new cost-effective and worthwhile method for full-length single-molecule transcriptome analysis in plants.

中文翻译：

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PacBio 和基于纳米孔的拟南芥转录组 RNA 测序的分析和综合比较。

在许多不同的研究领域，使用 Pacific Biosciences (PacBio) 和 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 的第三代测序的研究数量正在迅速增加。其中，植物全长单分子转录组研究多采用PacBio测序，而ONT很少采用。因此，在本研究中，我们检查了植物中的 ONT RNA 测序方法。我们对来自 PacBio、Nanopore direct cDNA (ONT Dc) 和 Nanopore PCR cDNA (ONT Pc) 测序的读数进行了详细评估，包括原始数据的特征和转录物的鉴定。此外，生成匹配的 Illumina 数据进行比较。ONT Pc 总体上表现出更好的原始数据质量，而 PacBio 产生更长的读取长度。在转录组分析中，PacBio 和 ONT Pc 在转录本鉴定方面表现相似，简单的序列重复分析和长非编码 RNA 预测。PacBio 在识别可变剪接事件方面表现出色，而 ONT Pc 可以估计转录表达水平。本文对拟南芥转录组的 PacBio 和基于纳米孔的 RNA 测序进行了全面比较，结果表明 ONT Pc 在生成极长读长方面更具成本效益，并且可以表征转录组以及量化转录表达。因此，ONT Pc 是一种新的具有成本效益和有价值的植物全长单分子转录组分析方法。本文对拟南芥转录组的 PacBio 和基于纳米孔的 RNA 测序进行了全面比较，结果表明 ONT Pc 在生成极长读长方面更具成本效益，并且可以表征转录组以及量化转录表达。因此，ONT Pc 是一种新的具有成本效益和有价值的植物全长单分子转录组分析方法。本文对拟南芥转录组的 PacBio 和基于纳米孔的 RNA 测序进行了全面比较，结果表明 ONT Pc 在生成极长读长方面更具成本效益，并且可以表征转录组以及量化转录表达。因此，ONT Pc 是一种新的具有成本效益和有价值的植物全长单分子转录组分析方法。