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Rapid genotypic antibiotic susceptibility test using CRISPR-Cas12a for urinary tract infection.
Analyst ( IF 3.6 ) Pub Date : 2020-06-09 , DOI: 10.1039/d0an00947d Juhong Chen 1 , Fuguo Jiang , Chao-Wei Huang , Liwei Lin
Analyst ( IF 3.6 ) Pub Date : 2020-06-09 , DOI: 10.1039/d0an00947d Juhong Chen 1 , Fuguo Jiang , Chao-Wei Huang , Liwei Lin
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The current clinical protocol to conduct a bacterial antibiotic susceptibility test (AST) requires at least 18 hours, and cannot be accomplished during a single visit for patients. Here, a new method based on the technique of CRISPR-Cas12a is utilized to accomplish a bacterial genotypic AST within one hour with good accuracy. Two amplification approaches are employed and compared: (1) enriching the bacterial concentration by culturing in growth media; and (2) amplifying target DNA from raw samples by recombinase polymerase amplification (RPA). The results show that CRISPR combined with RPA can rapidly and accurately provide a bacterial genotypic AST of urine samples with urinary tract infections for precise antibiotic treatment. As such, this technology could open a new class of rapid bacterial genotypic AST for various infectious diseases.
中文翻译：
使用CRISPR-Cas12a对尿路感染进行快速基因型抗生素药敏试验。
目前进行细菌抗生素敏感性试验（AST）的临床方案至少需要18个小时，并且不能在患者单次就诊时完成。在这里，基于CRISPR-Cas12a技术的新方法被用来在一小时内完成细菌基因型AST的准确测定。使用和比较了两种扩增方法：（1）通过在生长培养基中培养来富集细菌浓度；（2）通过重组酶聚合酶扩增（RPA）从原始样品中扩增靶DNA。结果表明，CRISPR与RPA结合可以快速，准确地为尿道感染的尿液样本提供细菌基因型AST，以进行精确的抗生素治疗。这样，这项技术可以为各种传染病打开一类新型的快速细菌基因型AST。
更新日期：2020-07-30
中文翻译：
使用CRISPR-Cas12a对尿路感染进行快速基因型抗生素药敏试验。
目前进行细菌抗生素敏感性试验（AST）的临床方案至少需要18个小时，并且不能在患者单次就诊时完成。在这里，基于CRISPR-Cas12a技术的新方法被用来在一小时内完成细菌基因型AST的准确测定。使用和比较了两种扩增方法：（1）通过在生长培养基中培养来富集细菌浓度；（2）通过重组酶聚合酶扩增（RPA）从原始样品中扩增靶DNA。结果表明，CRISPR与RPA结合可以快速，准确地为尿道感染的尿液样本提供细菌基因型AST，以进行精确的抗生素治疗。这样，这项技术可以为各种传染病打开一类新型的快速细菌基因型AST。
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