The silk gland of the silkworm Bombyx mori is a specialized organ where silk proteins are efficiently synthesized under precise regulation that largely determines the properties of silk fibers. To understand the genes involved in the regulation of silk protein synthesis, considerable research has focused on the transcripts expressed in silk glands; however, the complete transcriptome profile of this organ has yet to be elucidated. Here, we report a full-length silk gland transcriptome obtained by PacBio single-molecule long-read sequencing technology. In total, 11,697 non-redundant transcripts were identified in mixed samples of silk glands dissected from larvae at five developmental stages. When compared with the published reference, the full-length transcripts optimized the structures of 3002 known genes, and a total of 9061 novel transcripts with an average length of 2171 bp were detected. Among these, 1403 (15.5%) novel transcripts were computationally revealed to be lncRNAs, 8135 (89.8%) novel transcripts were annotated to different protein and nucleotide databases, and 5655 (62.4%) novel transcripts were predicted to have complete ORFs. Furthermore, we found 1867 alternative splicing events, 2529 alternative polyadenylation events, 784 fusion events and 6596 SSRs. This study provides a comprehensive set of reference transcripts and greatly revises and expands the available silkworm transcript data. In addition, these data will be very useful for studying the regulatory mechanisms of silk protein synthesis.

家蚕的蚕腺是一种专门的器官，在精确调节下有效合成蚕丝蛋白，这在很大程度上决定了蚕丝纤维的特性。为了了解参与调节丝蛋白合成的基因，大量研究集中在丝腺中表达的转录本上。然而，该器官的完整转录组概况尚未阐明。在这里，我们报告了通过PacBio单分子长读测序技术获得的全长丝腺转录组。在五个发育阶段从幼虫解剖的丝腺混合样本中，总共鉴定出11697个非冗余的转录本。与已发表的参考文献相比，全长转录本可优化3002个已知基因的结构，共检测到9061个新颖的转录本，平均长度为2171 bp。其中，有1403个（15.5％）新颖转录本被计算为lncRNA，有8135个（89.8％）新颖转录本被注释到了不同的蛋白质和核苷酸数据库，而有5655个（62.4％）新颖的转录本被预测具有完整的ORF。此外，我们发现了1867个替代剪接事件，2529个替代聚腺苷酸化事件，784个融合事件和6596个SSR。这项研究提供了一套全面的参考成绩单，并极大地修订和扩展了可用的家蚕成绩单数据。此外，这些数据对于研究丝蛋白合成的调控机制将非常有用。8％）的新转录本被注释到不同的蛋白质和核苷酸数据库中，并且预测有5655（62.4％）个新的转录本具有完整的ORF。此外，我们发现了1867个替代剪接事件，2529个替代聚腺苷酸化事件，784个融合事件和6596个SSR。这项研究提供了一套全面的参考成绩单，并极大地修订和扩展了可用的家蚕成绩单数据。此外，这些数据对于研究丝蛋白合成的调控机制将非常有用。8％）的新转录本被注释到不同的蛋白质和核苷酸数据库中，并且预测有5655（62.4％）个新的转录本具有完整的ORF。此外，我们发现了1867个替代剪接事件，2529个替代聚腺苷酸化事件，784个融合事件和6596个SSR。这项研究提供了一套全面的参考成绩单，并极大地修订和扩展了可用的家蚕成绩单数据。此外，这些数据对于研究丝蛋白合成的调控机制将非常有用。这项研究提供了一套全面的参考成绩单，并极大地修订和扩展了可用的家蚕成绩单数据。此外，这些数据对于研究丝蛋白合成的调控机制将非常有用。这项研究提供了一套全面的参考成绩单，并极大地修订和扩展了可用的家蚕成绩单数据。此外，这些数据对于研究丝蛋白合成的调控机制将非常有用。