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CRISPR‐dCas9 mediatedknock‐down of prtR , an essential genein Pseudomonas aeruginosa
Letters in Applied Microbiology ( IF 2.0 ) Pub Date : 2020-06-25 , DOI: 10.1111/lam.13337 L Xiang 1 , F Qi 2 , L Jiang 2 , J Tan 2 , C Deng 2 , Z Wei 2 , S Jin 3 , G Huang 2
Letters in Applied Microbiology ( IF 2.0 ) Pub Date : 2020-06-25 , DOI: 10.1111/lam.13337 L Xiang 1 , F Qi 2 , L Jiang 2 , J Tan 2 , C Deng 2 , Z Wei 2 , S Jin 3 , G Huang 2
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Pseudomonas aeruginosa is a widely distributed non‐fermentative Gram‐negative opportunistic pathogen that is often responsible for nosocomial infections. Gene interference is a potentially valuable tool for investigating essential genes in P. aeruginosa. To establish a gene interference platform in P. aeruginosa, CRISPR system was used with an inactive Cas9 protein. The CRISPR‐dCas9 system was cloned into pHERD20T, a shuttle vector with arabinose inducible promoter, and was further modified to target a regulatory gene prtR that is essential for the viability of P. aeruginosa. Cells expressing the prtR‐targeting CRISPR interference (CRISPRi) showed growth defect in an arabinose dose‐dependent manner. A high‐throughput RNA sequencing analysis of bacterial cells with or without the CRISPRi‐mediated prtR inhibition indicated that prtRis a global regulator affecting multiple biological processes. In conclusion, the CRISPR‐dCas9‐based gene knockdown system has been successfully implemented in P. aeruginosa and demonstrated to be an effective tool in the investigation of essential or difficult‐to‐inactivate genes in this species.
中文翻译：
CRISPR-dCas9 介导 prtR 的敲低，prtR 是铜绿假单胞菌的必需基因
铜绿假单胞菌是一种广泛分布的非发酵革兰氏阴性机会性病原体，通常是医院感染的原因。基因干扰是研究铜绿假单胞菌必需基因的潜在有价值的工具。为了在铜绿假单胞菌中建立基因干扰平台，使用 CRISPR 系统和无活性的 Cas9 蛋白。将 CRISPR-dCas9 系统克隆到 pHERD20T（一种带有阿拉伯糖诱导型启动子的穿梭载体）中，并进一步修饰以靶向对铜绿假单胞菌的生存能力至关重要的调控基因 prtR。表达prtR靶向CRISPR干扰（CRISPRi）的细胞以阿拉伯糖剂量依赖性方式显示生长缺陷。对有或没有 CRISPRi 介导的 prtR 抑制作用的细菌细胞进行高通量 RNA 测序分析表明，prtRi 是影响多个生物过程的全局调节剂。总之，基于 CRISPR-dCas9 的基因敲除系统已在铜绿假单胞菌中成功实施，并被证明是研究该物种必需或难以灭活的基因的有效工具。
更新日期：2020-06-25
中文翻译：
CRISPR-dCas9 介导 prtR 的敲低，prtR 是铜绿假单胞菌的必需基因
铜绿假单胞菌是一种广泛分布的非发酵革兰氏阴性机会性病原体，通常是医院感染的原因。基因干扰是研究铜绿假单胞菌必需基因的潜在有价值的工具。为了在铜绿假单胞菌中建立基因干扰平台，使用 CRISPR 系统和无活性的 Cas9 蛋白。将 CRISPR-dCas9 系统克隆到 pHERD20T（一种带有阿拉伯糖诱导型启动子的穿梭载体）中，并进一步修饰以靶向对铜绿假单胞菌的生存能力至关重要的调控基因 prtR。表达prtR靶向CRISPR干扰（CRISPRi）的细胞以阿拉伯糖剂量依赖性方式显示生长缺陷。对有或没有 CRISPRi 介导的 prtR 抑制作用的细菌细胞进行高通量 RNA 测序分析表明，prtRi 是影响多个生物过程的全局调节剂。总之，基于 CRISPR-dCas9 的基因敲除系统已在铜绿假单胞菌中成功实施，并被证明是研究该物种必需或难以灭活的基因的有效工具。
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