Recently, we unveiled taxonomical and functional differences in Egyptian mongoose (Herpestes ichneumon) gut microbiota across sex and age classes by microbial profiling. In this study, we generate, through culturomics, extended baseline information on the culturable bacterial and fungal microbiome of the species using the same specimens as models. Firstly, this strategy enabled us to explore cultivable microbial community differences across sexes and to ascertain the influence exerted by biological and environmental contexts of each host in its microbiota signature. Secondly, it permitted us to compare the culturomics and microbial profiling approaches and their ability to provide information on mongoose gut microbiota. In agreement with microbial profiling, culturomics showed that the core gut cultivable microbiota of the mongoose is dominated by Firmicutes and, as previously found, is able to distinguish sex- and age class-specific genera. Additional information could be obtained by culturomics, with six new genera unveiled. Richness indices and the Shannon index were concordant between culture-dependent and culture-independent approaches, highlighting significantly higher values when using microbial profiling. However, the Simpson index underlined higher values for the culturomics-generated data. These contrasting results were due to a differential influence of dominant and rare taxa on those indices. Beta diversity analyses of culturable microbiota showed similarities between adults and juveniles, but not in the data series originated from microbial profiling. Additionally, whereas the microbial profiling indicated that there were several bioenvironmental features related to the bacterial gut microbiota of the Egyptian mongoose, a clear association between microbiota and bioenvironmental features could not be established through culturomics. The discrepancies found between the data generated by the two methodologies and the underlying inferences, both in terms of β-diversity and role of bioenvironmental features, confirm that culture-independent, sequence-based methods have a higher ability to assess, at a fine scale, the influence of abiotic and biotic factors on the microbial community composition of mongoose’ gut. However, when used in a complementary perspective, this knowledge can be expanded by culturomics.

中文翻译：

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文化学与埃及猫鼬肠道菌群的微生物谱分析之间的串扰。

最近，我们揭示了埃及猫鼬（Herpestes ichneumon）通过微生物分布图分析性别和年龄段的肠道菌群。在这项研究中，我们通过培养组学，使用与模型相同的标本，生成了该物种可培养细菌和真菌微生物组的扩展基线信息。首先，该策略使我们能够探索男女之间可培养的微生物群落差异，并确定每个宿主在其微生物群特征中的生物学和环境环境所产生的影响。其次，它使我们能够比较文化学和微生物谱分析方法以及它们提供有关猫鼬肠道菌群信息的能力。与微生物谱分析一致，菌群学研究表明猫鼬的核心肠道可培养菌群主要由Firmicutes主导。并且，如先前发现的那样，它能够区分性别和年龄类别特定的属。菌群学可以提供更多信息，其中包括六个新属。丰富度指数和香农指数在依赖于文化的方法和不依赖于文化的方法之间是一致的，突出显示了使用微生物谱分析时明显更高的值。但是，辛普森指数强调了培养物产生的数据的较高值。这些不同的结果是由于优势和稀有生物分类对这些指数的不同影响。可培养微生物群的Beta多样性分析表明，成年人和青少年之间具有相似性，但在源自微生物谱分析的数据系列中却没有。另外，而微生物谱分析表明，有一些与埃及猫鼬的细菌肠道菌群有关的生物环境特征，微生物群与生物环境特征之间没有明确的联系，这是通过菌群学建立的。在β多样性和生物环境特征的作用方面，两种方法所产生的数据与潜在推论之间的差异，证实了与培养无关的，基于序列的方法具有较高的评估能力，可进行精细规模的评估。 ，非生物和生物因素对猫鼬肠道微生物群落组成的影响。但是，当以互补的角度使用时，此知识可以通过文化学来扩展。通过菌群学无法建立微生物群与生物环境特征之间的明确联系。在β多样性和生物环境特征的作用方面，两种方法所产生的数据与潜在推论之间的差异，证实了与培养无关的，基于序列的方法具有较高的评估能力，可进行精细规模的评估。 ，非生物和生物因素对猫鼬肠道微生物群落组成的影响。但是，当以互补的角度使用时，此知识可以通过文化学来扩展。通过菌群学无法建立微生物群与生物环境特征之间的明确联系。在β多样性和生物环境特征的作用方面，两种方法所产生的数据与潜在推论之间的差异，证实了与培养无关的，基于序列的方法具有更高的能力，可以进行精细的评估，非生物和生物因素对猫鼬肠道微生物群落组成的影响。但是，当以互补的角度使用时，此知识可以通过文化学来扩展。基于序列的方法具有更高的能力，可以在更精细的规模上评估非生物和生物因子对猫鼬肠道微生物群落组成的影响。但是，当以互补的角度使用时，此知识可以通过文化学来扩展。基于序列的方法具有更高的能力，可以在更精细的规模上评估非生物和生物因子对猫鼬肠道微生物群落组成的影响。但是，当以互补的角度使用时，此知识可以通过文化学来扩展。