A single protein-binding pocket often times binds to a diverse range of ligands with distinct structural features. Understanding the structural correlations of the different ligands remains a major challenge in medicinal chemistry research. We recently developed the template-based alignment modeling (TAM) method as a simple yet effective approach for understanding structure–activity relationships (SARs) for a variety of medicinal agents. In this article, we briefly review the developmental process of TAM, and then showcase some potential applications. Finally, within the conceptual framework of TAM, we discuss our view of the structural correlation issue of diverse ligands.

中文翻译：

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基于模板的比对建模：面向药物化学家的基于配体的创新方法

单个蛋白质结合口袋通常会结合具有不同结构特征的多种配体。理解不同配体的结构相关性仍然是药物化学研究中的主要挑战。我们最近开发了基于模板的比对建模（TAM）方法，将其作为一种简单而有效的方法来了解多种药物的结构-活性关系（SAR）。在本文中，我们简要回顾了TAM的开发过程，然后展示了一些潜在的应用程序。最后，在TAM的概念框架内，我们讨论了对各种配体的结构相关性问题的看法。