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Selection of reference genes for RT-qPCR normalization in blueberry (Vaccinium corymbosum × angustifolium) under various abiotic stresses.
FEBS Open Bio ( IF 2.8 ) Pub Date : 2020-06-23 , DOI: 10.1002/2211-5463.12903 Yu Deng 1 , Yadong Li 2 , Haiyue Sun 2
FEBS Open Bio ( IF 2.8 ) Pub Date : 2020-06-23 , DOI: 10.1002/2211-5463.12903 Yu Deng 1 , Yadong Li 2 , Haiyue Sun 2
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As a small fruit rich in anthocyanins, blueberry (Vaccinium corymbosum × angustifolium) has become a focus of research in recent years for identifying genes related to anthocyanin transport and stress resistance mechanisms based on transcriptome sequencing. However, the lack of validated, stably expressed reference genes greatly limits the functional study of blueberry genes. Therefore, in this study, we selected 14 candidate reference genes from a blueberry transcriptome database and used three algorithms (geNorm, NormFinder and BestKeeper) to evaluate the expression stability of these genes in various organs at different fruit developmental stages under five abiotic stress conditions. EF1α, EIF and TBP were observed to be the most stable and were thus chosen as reference genes for quantitative real‐time PCR. Measurement of the relative expression of VcMATE1 (European Nucleotide Archive accession number KF875433) in blueberry further verified the reliability of these reference genes, which may have great utility for determining the accuracy of gene expression analyses in future research on blueberry.
中文翻译：
各种非生物胁迫下蓝莓 (Vaccinium corymbosum × angustifolium) RT-qPCR 标准化的参考基因选择。
蓝莓（Vaccinium corymbosum × angustifolium）作为富含花青素的小果实，基于转录组测序鉴定花青素转运和抗逆机制相关基因成为近年来的研究热点。然而，缺乏经过验证、稳定表达的参考基因极大地限制了蓝莓基因的功能研究。因此，在本研究中，我们从蓝莓转录组数据库中选取了 14 个候选参考基因，并使用三种算法（geNorm、NormFinder 和 BestKeeper）评估了这些基因在五种非生物胁迫条件下不同果实发育阶段各器官中的表达稳定性。EF1α , EIF和TBP被观察到是最稳定的，因此被选为定量实时 PCR 的参考基因。测量蓝莓中VcMATE1（欧洲核苷酸档案登录号 KF875433）的相对表达量进一步验证了这些参考基因的可靠性，这可能对确定未来蓝莓研究中基因表达分析的准确性具有重要意义。
更新日期：2020-06-23
中文翻译：
各种非生物胁迫下蓝莓 (Vaccinium corymbosum × angustifolium) RT-qPCR 标准化的参考基因选择。
蓝莓（Vaccinium corymbosum × angustifolium）作为富含花青素的小果实，基于转录组测序鉴定花青素转运和抗逆机制相关基因成为近年来的研究热点。然而，缺乏经过验证、稳定表达的参考基因极大地限制了蓝莓基因的功能研究。因此，在本研究中，我们从蓝莓转录组数据库中选取了 14 个候选参考基因，并使用三种算法（geNorm、NormFinder 和 BestKeeper）评估了这些基因在五种非生物胁迫条件下不同果实发育阶段各器官中的表达稳定性。EF1α , EIF和TBP被观察到是最稳定的，因此被选为定量实时 PCR 的参考基因。测量蓝莓中VcMATE1（欧洲核苷酸档案登录号 KF875433）的相对表达量进一步验证了这些参考基因的可靠性，这可能对确定未来蓝莓研究中基因表达分析的准确性具有重要意义。
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