The basidiomycete yeast Cryptococcus neoformans causes disease in immunocompromized patients. Whole genome sequencing (WGS) technology provides insights into the molecular epidemiology of C. neoformans. However, the number of such studies is limited. Here we used WGS and multilocus sequence typing (MLST) to determine the genetic diversity of C. neoformans isolates and genetic structures of their populations among patients admitted to a single hospital in Bangkok, Thailand. Seven isolates from six patients collected during 1 year were identified as C. neoformans sensu stricto according to colony morphology, microscopy, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry and nucleotide sequence analysis of internal transcribed sequences. These isolates were sensitive to the antifungal drugs amphotericin B, fluconazole, 5-flucytosine, voriconazole, itraconazole and posaconazole and were mating type α and molecular type VNI. MLST analysis identified ST4, ST5 and ST6. We further employed WGS to determine the genetic diversity and relationships of C. neoformans isolated here combined with C. neoformans sequences data acquired from a public database (n = 42). We used the data to construct a phylogenetic tree. WGS provided additional genomics data and achieved high discriminatory power for identifying C. neoformans isolates isolated in Thailand. This report further demonstrates the applicability of WGS analysis for conducting molecular epidemiology and provides insight into the genetic diversity of C. neoformans isolates from one hospital in Thailand.

中文翻译：

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从临床标本中分离出的新型隐球菌的多基因座序列分型和整个基因组序列分析，泰国曼谷瓦吉拉医院。

担子菌酵母新隐球菌在免疫功能低下的患者中引起疾病​​。全基因组测序（WGS）技术提供了对新孢梭菌分子流行病学的见识。但是，此类研究的数量是有限的。在这里，我们使用WGS和多基因座序列分型（MLST）来确定泰国曼谷一家医院收治的新孢梭菌分离株的遗传多样性及其种群的遗传结构。根据菌落形态，显微镜，基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱和内部转录序列的核苷酸序列分析，在一年内收集的六名患者中的七种分离物被鉴定为新孢梭菌。这些分离株对抗真菌药两性霉素B，氟康唑，5-氟胞嘧啶，伏立康唑，伊曲康唑和泊沙康唑为交配型α和分子型VNI。MLST分析确定了ST4，ST5和ST6。我们进一步利用WGS来确定此处分离的新孢梭菌的遗传多样性和相互关系，并与从公共数据库（n = 42）获得的新孢梭菌序列数据相结合。我们使用这些数据来构建系统发育树。WGS提供了更多的基因组学数据，并在识别泰国分离的新孢子虫分离株方面具有很高的鉴别力。该报告进一步证明了WGS分析在进行分子流行病学研究中的适用性，并提供了对泰国一家医院新孢子虫分离株遗传多样性的见解。MLST分析确定了ST4，ST5和ST6。我们进一步利用WGS来确定此处分离的新孢梭菌的遗传多样性和相互关系，并与从公共数据库（n = 42）获得的新孢梭菌序列数据相结合。我们使用这些数据来构建系统发育树。WGS提供了更多的基因组学数据，并在识别泰国分离的新孢子虫分离株方面具有很高的鉴别力。该报告进一步证明了WGS分析在进行分子流行病学研究中的适用性，并提供了对泰国一家医院新孢子虫分离株遗传多样性的见解。MLST分析确定了ST4，ST5和ST6。我们进一步利用WGS来确定此处分离的新孢梭菌的遗传多样性和相互关系，并与从公共数据库（n = 42）获得的新孢梭菌序列数据相结合。我们使用这些数据来构建系统发育树。WGS提供了更多的基因组学数据，并在识别泰国分离的新孢子虫分离株方面具有很高的鉴别力。该报告进一步证明了WGS分析在进行分子流行病学研究中的适用性，并提供了对泰国一家医院新孢子虫分离株的遗传多样性的见解。我们使用这些数据来构建系统发育树。WGS提供了更多的基因组学数据，并在识别泰国分离的新孢子虫分离株方面具有很高的鉴别力。该报告进一步证明了WGS分析在进行分子流行病学研究中的适用性，并提供了对泰国一家医院新孢子虫分离株遗传多样性的见解。我们使用这些数据来构建系统发育树。WGS提供了更多的基因组学数据，并在识别泰国分离的新孢子虫分离株方面具有很高的鉴别力。该报告进一步证明了WGS分析在进行分子流行病学研究中的适用性，并提供了对泰国一家医院新孢子虫分离株遗传多样性的见解。