Pakistan is ranked second highest after Egypt in hepatitis C virus (HCV) infection. Accurate typing is mandatory to be compliant with the World Health Organization strategy to eliminate HCV infection in 2030. We characterized the HCV genotypes using Abbott real-time polymerase chain reaction assay and indeterminate samples were sequenced. We also investigated the distribution of HCV genotype among different age groups and gender in chronic HCV patients. One thousand thirteen samples were tested for HCV genotyping using Abbott real-time HCV genotyping assay. RNA extraction from plasma was done using the m2000sp platform. The amplification and detection of genotypes was done on m2000rt instrument. The lower limit of detection assay is 500 IU/mL. The indeterminate genotypes were analyzed by sequencing of the NS5B region. We found genotype 1 in 1.68%, genotype 1b in 0.89%, genotype 1a in 0.79%, genotype 2 in 0.6, genotype 3 in 94.37%, genotype 4 in 0.4%, genotype 5 in 0.09%, and indeterminate genotype result were found in 1.18%. Abbott assay could not identify 12 samples of genotype 3 (1.18%) and gave the indeterminate result. It also fails to assign some of the samples of genotype 1 into 1a and 1b. The indeterminate genotypes were resolved by sequencing followed by phylogenetic analysis. Genotype 3 is the predominant genotype and significantly higher in females as compared with males. Genotype 1a is more common in males than in females. Indeterminate HCV genotypes on sequencing analysis identify as genotype 3a and likewise subtype of genotype1 as 1a.

中文翻译：

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通过商业实时聚合酶链反应测定法通过测序解决丙型肝炎病毒基因型的不确定预测，以避免不准确分型的后果。

巴基斯坦在丙型肝炎病毒 (HCV) 感染方面排名第二，仅次于埃及。准确分型是强制性的，以符合世界卫生组织在 2030 年消除 HCV 感染的战略。我们使用雅培实时聚合酶链反应测定对 HCV 基因型进行了表征，并对不确定的样本进行了测序。我们还调查了慢性 HCV 患者不同年龄组和性别的 HCV 基因型分布。使用 Abbott 实时 HCV 基因分型分析测试了 1013 个样本的 HCV 基因分型。使用 m2000sp 平台从血浆中提取 RNA。基因型的扩增和检测在m2000rt仪器上完成。检测的下限为 500 IU/mL。通过对 NS5B 区域进行测序来分析不确定的基因型。我们在 1.68% 中发现基因型 1，基因型1b占0.89%，基因型1a占0.79%，基因型2占0.6，基因型3占94.37%，基因型4占0.4%，基因型5占0.09%，不确定基因型结果为18%。Abbott 检测无法识别基因型 3 的 12 个样品（1.18%）并给出不确定的结果。它也未能将一些基因型 1 的样本分配到 1a 和 1b。通过测序和系统发育分析解决了不确定的基因型。基因型 3 是主要基因型，与男性相比，女性显着更高。基因型 1a 在男性中比在女性中更常见。测序分析中不确定的 HCV 基因型鉴定为基因型 3a，同样将基因型 1 的亚型鉴定为 1a。1.18% 的人发现了不确定的基因型结果。Abbott 检测无法识别基因型 3 的 12 个样品（1.18%）并给出不确定的结果。它也未能将一些基因型 1 的样本分配到 1a 和 1b。通过测序和系统发育分析解决了不确定的基因型。基因型 3 是主要基因型，与男性相比，女性显着更高。基因型 1a 在男性中比在女性中更常见。测序分析中不确定的 HCV 基因型鉴定为基因型 3a，同样将基因型 1 的亚型鉴定为 1a。1.18% 的人发现了不确定的基因型结果。Abbott 检测无法识别基因型 3 的 12 个样品（1.18%）并给出不确定的结果。它也未能将一些基因型 1 的样本分配到 1a 和 1b。通过测序和系统发育分析解决了不确定的基因型。基因型 3 是主要基因型，与男性相比，女性显着更高。基因型 1a 在男性中比在女性中更常见。测序分析中不确定的 HCV 基因型鉴定为基因型 3a，同样将基因型 1 的亚型鉴定为 1a。通过测序和系统发育分析解决了不确定的基因型。基因型 3 是主要基因型，与男性相比，女性显着更高。基因型 1a 在男性中比在女性中更常见。测序分析中不确定的 HCV 基因型鉴定为基因型 3a，同样将基因型 1 的亚型鉴定为 1a。通过测序和系统发育分析解决了不确定的基因型。基因型 3 是主要基因型，与男性相比，女性显着更高。基因型 1a 在男性中比在女性中更常见。测序分析中不确定的 HCV 基因型鉴定为基因型 3a，同样将基因型 1 的亚型鉴定为 1a。