BACKGROUND Despite efforts to mitigate the impact of dengue virus (DENV) epidemics, the virus remains a public health problem in tropical and subtropical regions around the world. Most DENV cases in the Americas between January and July 2019 were reported in Brazil. São Paulo State in the southeast of Brazil has reported nearly half of all DENV infections in the country. OBJECTIVES To understand the origin and dynamics of the 2019 DENV outbreak. METHODS Here using portable nanopore sequencing we generated20 new DENV genome sequences from viremic patients with suspected dengue infection residing in two of the most-affected municipalities of São Paulo State, Araraquara and São José do Rio Preto. We conducted a comprehensive phylogenetic analysis with 1,630 global DENV strains to better understand the evolutionary history of the DENV lineages that currently circulate in the region. FINDINGS The new outbreak strains were classified as DENV2 genotype III (American/Asian genotype). Our analysis shows that the 2019 outbreak is the result of a novel DENV lineage that was recently introduced to Brazil from the Caribbean region. Dating phylogeographic analysis suggests that DENV2-III BR-4 was introduced to Brazil in or around early 2014, possibly from the Caribbean region. MAIN CONCLUSIONS Our study describes the early detection of a newly introduced and rapidly-expanding DENV2 virus lineage in Brazil.

中文翻译：

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2019 年巴西登革热病毒血清型 2 病毒谱系替换事件的基因组检测。

背景尽管努力减轻登革热病毒（DENV）流行病的影响，但该病毒仍然是全世界热带和亚热带地区的公共卫生问题。2019 年 1 月至 2019 年 7 月期间美洲的大多数 DENV 病例都在巴西报告。巴西东南部的圣保罗州报告了该国近一半的 DENV 感染。目的 了解 2019 年 DENV 爆发的起源和动态。方法 在这里，我们使用便携式纳米孔测序从居住在圣保罗州、阿拉拉夸拉和圣若泽里约普雷图两个受影响最严重的城市的疑似登革热感染的病毒血症患者中生成了 20 个新的 DENV 基因组序列。我们对 1 进行了全面的系统发育分析，630 种全球 DENV 菌株，以更好地了解目前在该地区流行的 DENV 谱系的进化历史。结果 新的暴发菌株被归类为 DENV2 基因型 III（美洲/亚洲基因型）。我们的分析表明，2019 年的爆发是最近从加勒比地区引入巴西的一种新型 DENV 谱系的结果。测年系统地理学分析表明，DENV2-III BR-4 于 2014 年初或前后被引入巴西，可能来自加勒比地区。主要结论 我们的研究描述了在巴西早期发现一种新引入并迅速扩大的 DENV2 病毒谱系。我们的分析表明，2019 年的爆发是最近从加勒比地区引入巴西的一种新型 DENV 谱系的结果。测年系统地理学分析表明，DENV2-III BR-4 于 2014 年初或前后被引入巴西，可能来自加勒比地区。主要结论 我们的研究描述了在巴西早期发现一种新引入并迅速扩大的 DENV2 病毒谱系。我们的分析表明，2019 年的爆发是最近从加勒比地区引入巴西的一种新型 DENV 谱系的结果。测年系统地理学分析表明，DENV2-III BR-4 于 2014 年初或前后被引入巴西，可能来自加勒比地区。主要结论 我们的研究描述了在巴西早期发现一种新引入并迅速扩大的 DENV2 病毒谱系。