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Ion torrent-based nasopharyngeal swab metatranscriptomics in COVID-19.
Journal of Virological Methods ( IF 2.2 ) Pub Date : 2020-05-21 , DOI: 10.1016/j.jviromet.2020.113888 Gubio S Campos 1 , Silvia I Sardi 1 , Melissa B Falcao 2 , Emilia M M A Belitardo 1 , Danilo J P G Rocha 1 , Carolina A Rolo 1 , Aline D Menezes 1 , Carina S Pinheiro 1 , Rejane H Carvalho 1 , João P P Almeida 3 , Eric R G R Aguiar 4 , Luis G C Pacheco 1
Journal of Virological Methods ( IF 2.2 ) Pub Date : 2020-05-21 , DOI: 10.1016/j.jviromet.2020.113888 Gubio S Campos 1 , Silvia I Sardi 1 , Melissa B Falcao 2 , Emilia M M A Belitardo 1 , Danilo J P G Rocha 1 , Carolina A Rolo 1 , Aline D Menezes 1 , Carina S Pinheiro 1 , Rejane H Carvalho 1 , João P P Almeida 3 , Eric R G R Aguiar 4 , Luis G C Pacheco 1
Affiliation
Herein, we describe the detection of a SARS-CoV-2 genome through metatranscriptome next-generation sequencing directly from the nasopharyngeal swab of a suspected case of local transmission of Covid-19, in Brazil. Depletion of human ribosomal RNA and use of an optimized in-house developed bioinformatics strategy contributed to successful detection of the virus.
中文翻译：
COVID-19 中基于离子激流的鼻咽拭子宏转录组学。
在此，我们描述了通过宏转录组下一代测序直接从巴西 Covid-19 本地传播疑似病例的鼻咽拭子中检测 SARS-CoV-2 基因组。人类核糖体 RNA 的消耗和使用优化的内部开发的生物信息学策略有助于成功检测病毒。
更新日期：2020-05-21
中文翻译：
COVID-19 中基于离子激流的鼻咽拭子宏转录组学。
在此，我们描述了通过宏转录组下一代测序直接从巴西 Covid-19 本地传播疑似病例的鼻咽拭子中检测 SARS-CoV-2 基因组。人类核糖体 RNA 的消耗和使用优化的内部开发的生物信息学策略有助于成功检测病毒。
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