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SZDB2.0: an updated comprehensive resource for schizophrenia research.
Human Genetics ( IF 3.8 ) Pub Date : 2020-05-08 , DOI: 10.1007/s00439-020-02171-1
Yong Wu 1, 2 , Xiaoyan Li 1, 2 , Jiewei Liu 1 , Xiong-Jian Luo 1, 2, 3, 4 , Yong-Gang Yao 1, 2, 4, 5
Affiliation  

During the past decade, genetic studies of schizophrenia have become one of the most exciting and fast-moving areas. Hundreds of genes implicated in schizophrenia have been identified by genetic, epigenetic, and gene expression studies. However, how to systematically and efficiently use these published data to pinpoint the causal genes becomes a major challenge in schizophrenia research. Here, we release an updated version of a comprehensive database for schizophrenia research, SZDB2.0 (www.szdb.org), which accompanies significant data expansion and feature improvements, as well as functionality optimization. Compared with the first version (SZDB), the current database has the following updates: (1) We added the newly published genome-wide association study (GWAS) of schizophrenia from CLOZUK + PGC, which is the largest GWAS for schizophrenia; (2) We included a polygenic risk score calculator; (3) In the refined "Gene" module of SZDB2.0, we collated genetic, gene expression, methylation, and integrative results of all available schizophrenia studies; (4) In the "CNV (copy number variation)" module, we collated the results of all 77 CNV publications about schizophrenia; (5) We also updated other data, including gene expression quantitative trait loci (eQTL), transcript QTL, methylation QTL, and protein-protein interaction data, based on the information from the latest literatures. We optimized the query interface of SZDB2.0 for a better visualization and data retrieval. The updated SZDB2.0 will advance the research of schizophrenia.

中文翻译:

SZDB2.0:精神分裂症研究的最新综合资源。

在过去的十年中,精神分裂症的基因研究已成为最令人兴奋和快速发展的领域之一。通过遗传,表观遗传和基因表达研究已经鉴定出与精神分裂症有关的数百种基因。然而,如何系统和有效地利用这些公开的数据来查明病因基因成为精神分裂症研究的主要挑战。在这里,我们发布了用于精神分裂症研究的综合数据库SZDB2.0(www.szdb.org)的更新版本,该数据库伴随着重要的数据扩展,功能改进以及功能优化。与第一个版本(SZDB)相比,当前数据库具有以下更新:(1)我们添加了来自CLOZUK + PGC的新发布的精神分裂症全基因组关联研究(GWAS),这是精神分裂症的最大GWAS;(2)我们包括了一个多基因风险评分计算器;(3)在完善的SZDB2.0的“基因”模块中,我们比较了所有可用的精神分裂症研究的遗传,基因表达,甲基化和整合结果;(4)在“ CNV(拷贝数变异)”模块中,我们整理了有关精神分裂症的所有77篇CNV出版物的结果;(5)根据最新文献的信息,我们还更新了其他数据,包括基因表达定量性状基因座(eQTL),转录本QTL,甲基化QTL和蛋白质-蛋白质相互作用数据。我们优化了SZDB2.0的查询界面,以实现更好的可视化和数据检索。更新后的SZDB2.0将促进精神分裂症的研究。所有可用的精神分裂症研究的基因表达,甲基化和综合结果;(4)在“ CNV(拷贝数变异)”模块中,我们整理了有关精神分裂症的所有77篇CNV出版物的结果;(5)根据最新文献的信息,我们还更新了其他数据,包括基因表达定量性状基因座(eQTL),转录本QTL,甲基化QTL和蛋白质-蛋白质相互作用数据。我们优化了SZDB2.0的查询界面,以实现更好的可视化和数据检索。更新后的SZDB2.0将促进精神分裂症的研究。所有可用的精神分裂症研究的基因表达,甲基化和综合结果;(4)在“ CNV(拷贝数变异)”模块中,我们整理了有关精神分裂症的所有77篇CNV出版物的结果;(5)根据最新文献的信息,我们还更新了其他数据,包括基因表达定量性状基因座(eQTL),转录本QTL,甲基化QTL和蛋白质-蛋白质相互作用数据。我们优化了SZDB2.0的查询界面,以实现更好的可视化和数据检索。更新后的SZDB2.0将促进精神分裂症的研究。基于最新文献的信息,包括基因表达定量性状基因座(eQTL),转录本QTL,甲基化QTL和蛋白质-蛋白质相互作用数据。我们优化了SZDB2.0的查询界面,以实现更好的可视化和数据检索。更新后的SZDB2.0将促进精神分裂症的研究。基于最新文献的信息,包括基因表达定量性状基因座(eQTL),转录本QTL,甲基化QTL和蛋白质-蛋白质相互作用数据。我们优化了SZDB2.0的查询界面,以实现更好的可视化和数据检索。更新后的SZDB2.0将促进精神分裂症的研究。
更新日期:2020-05-08
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