Parallel-reaction monitoring (PRM) using high resolution, accurate mass (HR/AM) analysis on quadrupole-Orbitrap mass spectrometers, like the Q Exactive, is one of the most promising approaches for targeted protein analysis. However, PRM has a limited multiplexing capacity, which depends heavily on the reproducibility of peptide retention times. To overcome these limitations, we aimed to establish an easily applicable data acquisition mode that allows retention-time-independent massive multiplexing on Q Exactive mass spectrometers. The presented method is based on data-dependent acquisition and is called pseudo-PRM. In principle, high-intensity stable isotope-labeled peptides are used to trigger the repeated fragmentation of the corresponding light peptides. In this way, pseudo-PRM data can be analyzed like normal PRM data. We tested pseudo-PRM for the target detection from yeast, human cells, and serum, showing good reproducibility and sensitivities comparable to normal PRM. We demonstrated further that pseudo-PRM can be used for accurate and precise quantification of target peptides, using both precursor and fragment ion areas. Moreover, we showed multiplexing of more than 1000 targets in a single run. Finally, we applied pseudo-PRM to quantify vaccinia virus proteins during infection, verifying that pseudo-PRM presents an alternative method for multiplexed target profiling on Q Exactive mass spectrometers.

中文翻译：

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稳定的同位素触发的偏移碎片可以在四极Orbitrap质谱仪上进行大规模多重目标分析。

在四极杆Orbitrap质谱仪（例如Q Exactive）上使用高分辨率，精确质量（HR / AM）分析进行并行反应监测（PRM）是针对靶蛋白分析的最有希望的方法之一。但是，PRM的复用能力有限，这在很大程度上取决于肽保留时间的可重复性。为了克服这些限制，我们旨在建立一种易于应用的数据采集模式，该模式允许在Q Exactive质谱仪上进行与保留时间无关的大规模多路复用。提出的方法基于与数据有关的获取，称为伪PRM。原则上，高强度稳定同位素标记的肽用于触发相应轻肽的重复片段化。这样，伪PRM数据可以像普通PRM数据一样进行分析。我们测试了伪PRM从酵母，人类细胞和血清中的靶标检测，显示出与正常PRM相当的良好再现性和敏感性。我们进一步证明了伪PRM可以同时使用前体和碎片离子区域用于目标肽的精确定量分析。此外，我们在一次运行中显示了超过1000个目标的多路复用。最后，我们应用伪PRM定量感染过程中的牛痘病毒蛋白，验证了伪PRM为Q Exactive质谱仪上的多重靶标分析提供了另一种方法。同时使用前体和碎片离子区域。此外，我们在一次运行中显示了超过1000个目标的多路复用。最后，我们应用伪PRM定量感染过程中的牛痘病毒蛋白，验证了伪PRM为Q Exactive质谱仪上的多重靶标分析提供了另一种方法。同时使用前体和碎片离子区域。此外，我们在一次运行中显示了超过1000个目标的多路复用。最后，我们应用伪PRM定量感染过程中的牛痘病毒蛋白，验证了伪PRM为Q Exactive质谱仪上的多重靶标分析提供了另一种方法。