Background DNA transposons are ubiquitous components of eukaryotic genomes. Academ superfamily of DNA transposons is one of the least characterized DNA transposon superfamilies in eukaryotes. DNA transposons belonging to the Academ superfamily have been reported from various animals, one red algal species Chondrus crispus, and one fungal species Puccinia graminis. Six Academ families from P. graminis encode a helicase in addition to putative transposase, while some other families encode a single protein which contains a putative transposase and an XPG nuclease. Results Systematic searches on Repbase and BLAST searches against publicly available genome sequences revealed that several species of fungi and animals contain multiple Academ transposon families encoding a helicase. These AcademH families generate 9 or 10-bp target site duplications (TSDs) while Academ families lacking helicase generate 3 or 4-bp TSDs. Phylogenetic analysis clearly shows two lineages inside of Academ, designated here as AcademH and AcademX for encoding helicase or XPG nuclease, respectively. One sublineage of AcademH in animals encodes plant homeodomain (PHD) finger in its transposase, and its remnants are found in several fish genomes. Conclusions The AcademH lineage of TEs is widely distributed in animals and fungi, and originated early in the evolution of Academ DNA transposons. This analysis highlights the structural diversity in one less studied superfamily of eukaryotic DNA transposons.

中文翻译：

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AcademH，Academ DNA 转座子谱系，编码动物和真菌中发现的解旋酶。

背景 DNA 转座子是真核生物基因组中普遍存在的成分。Academ DNA 转座子超家族是真核生物中特征最少的 DNA 转座子超家族之一。已经报道了属于 Academ 超科的 DNA 转座子来自各种动物，一种红藻物种 Chondrus crispus 和一种真菌物种 Puccinia graminis。除了推定的转座酶外，来自 P. graminis 的六个 Academ 家族编码解旋酶，而其他一些家族则编码包含推定转座酶和 XPG 核酸酶的单一蛋白质。结果 Repbase 的系统搜索和针对公开可用的基因组序列的 BLAST 搜索显示，几种真菌和动物包含多个编码解旋酶的 Academ 转座子家族。这些 AcademH 家族产生 9 或 10 bp 的目标位点重复 (TSD)，而缺乏解旋酶的 Academ 家族产生 3 或 4 bp 的 TSD。系统发育分析清楚地显示了 Academ 内部的两个谱系，在此指定为 AcademH 和 AcademX，分别用于编码解旋酶或 XPG 核酸酶。动物中 AcademH 的一个亚谱系在其转座酶中编码植物同源域 (PHD) 指，并且在几种鱼类基因组中发现了它的残余物。结论 TEs的AcademH谱系广泛分布于动物和真菌中，起源于Academ DNA转座子进化的早期。该分析强调了一个研究较少的真核 DNA 转座子超家族的结构多样性。此处指定为 AcademH 和 AcademX，分别用于编码解旋酶或 XPG 核酸酶。动物中 AcademH 的一个亚谱系在其转座酶中编码植物同源域 (PHD) 指，并且在几种鱼类基因组中发现了它的残余物。结论 TEs的AcademH谱系广泛分布于动物和真菌中，起源于Academ DNA转座子进化的早期。该分析强调了一个研究较少的真核 DNA 转座子超家族的结构多样性。此处指定为 AcademH 和 AcademX，分别用于编码解旋酶或 XPG 核酸酶。动物中 AcademH 的一个亚谱系在其转座酶中编码植物同源域 (PHD) 指，并且在几种鱼类基因组中发现了它的残余物。结论 TEs的AcademH谱系广泛分布于动物和真菌中，起源于Academ DNA转座子进化的早期。该分析强调了一个研究较少的真核 DNA 转座子超家族的结构多样性。并且起源于 Academ DNA 转座子进化的早期。该分析强调了一个研究较少的真核 DNA 转座子超家族的结构多样性。并且起源于 Academ DNA 转座子进化的早期。该分析强调了一个研究较少的真核 DNA 转座子超家族的结构多样性。