Ebola virus is a highly pathogenic RNA virus that causes the Ebola haemorrhagic fever in human. This virus is considered as one of the dangerous viruses in the world with very high mortality rate. To date, no epitope-based subunit vaccine has yet been discovered to fight against Ebola although the outbreaks of this deadly virus took many lives in the past. In this study, approaches of reverse vaccinology were utilized in combination with different tools of immunoinformatics to design subunit vaccines against Ebola virus strain Mayinga-76. Three potential antigenic proteins of this virus i.e., matrix protein VP40, envelope glycoprotein and nucleoprotein were selected to construct the subunit vaccine. The MHC class-I, MHC class-II and B-cell epitopes were determined initially and after some robust analysis i.e., antigenicity, allergenicity, toxicity, conservancy and molecular docking study, EV-1, EV-2 and EV-3 were constructed as three potential vaccine constructs. These vaccine constructs are also expected to be effective on few other strains of Ebola virus since the highly conserved epitopes were used for vaccine construction. Thereafter, molecular docking study was conducted on these vaccines and EV-1 emerged as the best vaccine construct. Afterward, molecular dynamics simulation study revealed the good performances and stability of the intended vaccine protein. Finally, codon adaptation and in silico cloning were carried out to design a possible plasmid (pET-19b plasmid vector was used) for large scale production of the EV-1 vaccine. However, further in vitro and in vivo studies might be required on the predicted vaccines for final validation.

中文翻译：

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利用反向疫苗学方法设计针对埃博拉病毒的新型亚单位疫苗。

埃博拉病毒是一种高致病性 RNA 病毒，可引起人类埃博拉出血热。这种病毒被认为是世界上死亡率非常高的危险病毒之一。迄今为止，尚未发现基于表位的亚单位疫苗来对抗埃博拉病毒，尽管这种致命病毒的爆发在过去夺去了许多人的生命。在这项研究中，反向疫苗学方法与不同的免疫信息学工具相结合，设计了针对埃博拉病毒 Mayinga-76 株的亚单位疫苗。选择了该病毒的三种潜在抗原蛋白，即基质蛋白VP40、包膜糖蛋白和核蛋白来构建亚单位疫苗。MHC I 类、MHC II 类和 B 细胞表位是最初确定的，经过一些可靠的分析，即抗原性、过敏原性、毒性、在保护和分子对接研究中，EV-1、EV-2 和 EV-3 被构建为三种潜在的疫苗构建体。由于高度保守的表位用于疫苗构建，因此这些疫苗构建体也有望对少数其他埃博拉病毒株有效。此后，对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。EV-2 和 EV-3 被构建为三种潜在的疫苗构建体。由于高度保守的表位用于疫苗构建，因此这些疫苗构建体也有望对少数其他埃博拉病毒株有效。此后，对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。EV-2 和 EV-3 被构建为三种潜在的疫苗构建体。由于高度保守的表位用于疫苗构建，因此这些疫苗构建体也有望对少数其他埃博拉病毒株有效。此后，对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。由于高度保守的表位用于疫苗构建，因此这些疫苗构建体也有望对少数其他埃博拉病毒株有效。此后，对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。由于高度保守的表位用于疫苗构建，因此这些疫苗构建体也有望对少数其他埃博拉病毒株有效。此后，对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。对这些疫苗进行了分子对接研究，EV-1 成为最好的疫苗构建体。随后，分子动力学模拟研究揭示了预期疫苗蛋白的良好性能和稳定性。最后，进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。进行密码子适应和计算机克隆以设计用于大规模生产 EV-1 疫苗的可能质粒（使用 pET-19b 质粒载体）。但是，可能需要对预测的疫苗进行进一步的体外和体内研究以进行最终验证。