Current nomenclature for the taxonomic classification of melon cultivars (Cucumis melo L.) at the horticultural group level relies on morphological variation in certain key characters. However, the reliability of current infraspecific classification scheme in considering horticultural groups as botanical taxa was not fully understood. In the present study, the information of horticultural group classification in melon was assessed at the molecular level using genome-wide single nucleotide polymorphisms (SNPs). A total of 143 melon accessions of 15 horticultural groups in two subspecies, subsp. melo and subsp. agresti were collected and genotyped by using Genotyping-By-Sequencing (GBS). From the filtering of resultant sequence variants, 10,949 SNPs were selected and used for downstream genetic analysis including population structure, principle component analysis, and hierarchical clustering of 143 melon accessions. Our genetic analyses indicated that the distribution of accessions at the molecular level generally matched the subspecies classification and no substantial contradictions existed between the division of accessions based on horticultural group information and genetic relatedness revealed by the GBS. However, the distinction between horticultural groups was not clear-cut, implying the limitation of considering horticultural groups as botanical taxa. To improve the resolution of horticultural group classification in melon, our SNP data may be useful as supporting information in conjunction with morphological characters.

中文翻译：

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基于全基因组单核苷酸多态性对甜瓜（Cucumis melo L.）当前种下分类方案的评估

目前在园艺组级别对甜瓜品种 (Cucumis melo L.) 进行分类的命名法依赖于某些关键性状的形态变异。然而，目前的种下分类方案在将园艺群体视为植物类群时的可靠性尚不完全清楚。在本研究中，使用全基因组单核苷酸多态性 (SNP) 在分子水平上评估甜瓜园艺组分类信息。共有两个亚种亚种 15 个园艺组的 143 个甜瓜种质。melo 和 subsp。使用基因分型测序 (GBS) 收集和基因分型 agresti。从所得序列变异的过滤中，选择了 10,949 个 SNP 并用于下游遗传分析，包括种群结构、143个甜瓜种质的主成分分析和层次聚类。我们的遗传分析表明，分子水平上的种质分布与亚种分类基本匹配，基于园艺组信息的种质划分与GBS揭示的遗传相关性之间不存在实质性矛盾。然而，园艺群体之间的区别并不明确，这意味着将园艺群体视为植物分类群的局限性。为了提高瓜类园艺组分类的分辨率，我们的 SNP 数据可用作结合形态特征的支持信息。我们的遗传分析表明，分子水平上的种质分布与亚种分类基本匹配，基于园艺组信息的种质划分与GBS揭示的遗传相关性之间不存在实质性矛盾。然而，园艺群体之间的区别并不明确，这意味着将园艺群体视为植物分类群的局限性。为了提高瓜类园艺组分类的分辨率，我们的 SNP 数据可用作结合形态特征的支持信息。我们的遗传分析表明，分子水平上的种质分布与亚种分类基本匹配，基于园艺组信息的种质划分与GBS揭示的遗传相关性之间不存在实质性矛盾。然而，园艺群体之间的区别并不明确，这意味着将园艺群体视为植物分类群的局限性。为了提高瓜类园艺组分类的分辨率，我们的 SNP 数据可用作结合形态特征的支持信息。园艺组之间的区别并不明确，这意味着将园艺组视为植物分类群的局限性。为了提高瓜类园艺组分类的分辨率，我们的 SNP 数据可用作结合形态特征的支持信息。园艺组之间的区别并不明确，这意味着将园艺组视为植物分类群的局限性。为了提高瓜类园艺组分类的分辨率，我们的 SNP 数据可用作结合形态特征的支持信息。