Abstract Species of Phytophthora pose one of the most serious biosecurity threats to forest ecosystems worldwide. Despite management efforts and increased awareness of forest pathogens, there is continued introduction and spread of Phytophthora species. Uncertainty about the center of origin for many of the invasive species hampers disease control efforts. Additionally, the management efforts are often made impossible either by the vast host range or the extreme susceptibility of naïve hosts. In this review, we discuss how genomics has shed light on the extent of spread and destruction caused by invasive Phytophthora species, and how approaches leveraged by genomics can be applied to enhance the management of these invasive forest pathogens. Four case studies, Phytophthora ramorum, Phytophthora lateralis, Phytophthora cinnamomi, and Phytophthora pluvialis are used to illustrate how genomics can be applied to forest management. We urge researchers, governmental research institutes, private companies, and citizens to collaborate in order to stop the spread of invasive Phytophthora species. To accomplish this, we see the following themes as critical parts of resolving this forest health crisis: i) integration of DNA-based pathogen detection into forest inventory programs; ii) development of practical and affordable DNA-based diagnostic methods; iii) sequence hosts as models for resistance gene identification; iv) prediction of pathogen impact based on genomic data; and v) increase collaborative projects and outreach to raise awareness of forest diseases.

中文翻译：

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从基因组到森林管理——在基因组学时代应对入侵的疫霉属物种

摘要 疫霉属物种是全球森林生态系统面临的最严重的生物安全威胁之一。尽管进行了管理努力并提高了对森林病原体的认识，但疫霉属物种仍在继续引入和传播。许多入侵物种起源中心的不确定性阻碍了疾病控制工作。此外，由于宿主范围广或幼稚宿主的极端易感性，管理工作通常无法进行。在这篇综述中，我们讨论了基因组学如何阐明入侵性疫霉属物种造成的传播和破坏的程度，以及如何应用基因组学的方法来加强对这些入侵性森林病原体的管理。四个案例研究, Phytophthora ramorum, Phytophthoralateralis, Phytophthora cinnamomi, 和 Phytophthora pluvialis 用于说明基因组学如何应用于森林管理。我们敦促研究人员、政府研究机构、私营公司和公民合作，以阻止入侵性疫霉属物种的传播。为实现这一目标，我们将以下主题视为解决森林健康危机的关键部分：i) 将基于 DNA 的病原体检测整合到森林清查计划中；ii) 开发实用且负担得起的基于 DNA 的诊断方法；iii) 序列宿主作为抗性基因识别模型；iv) 基于基因组数据预测病原体影响；v) 增加合作项目和外展活动，以提高对森林病害的认识。政府研究机构、私营公司和公民合作，以阻止入侵性疫霉物种的传播。为实现这一目标，我们将以下主题视为解决森林健康危机的关键部分：i) 将基于 DNA 的病原体检测整合到森林清查计划中；ii) 开发实用且负担得起的基于 DNA 的诊断方法；iii) 序列宿主作为抗性基因识别模型；iv) 基于基因组数据预测病原体影响；v) 增加合作项目和外展活动，以提高对森林病害的认识。政府研究机构、私营公司和公民合作，以阻止入侵性疫霉物种的传播。为实现这一目标，我们将以下主题视为解决森林健康危机的关键部分：i) 将基于 DNA 的病原体检测整合到森林清查计划中；ii) 开发实用且负担得起的基于 DNA 的诊断方法；iii) 序列宿主作为抗性基因识别模型；iv) 基于基因组数据预测病原体影响；v) 增加合作项目和外展活动，以提高对森林病害的认识。i) 将基于 DNA 的病原体检测整合到森林清查计划中；ii) 开发实用且负担得起的基于 DNA 的诊断方法；iii) 序列宿主作为抗性基因识别模型；iv) 基于基因组数据预测病原体影响；v) 增加合作项目和外展活动，以提高对森林病害的认识。i) 将基于 DNA 的病原体检测整合到森林清查计划中；ii) 开发实用且负担得起的基于 DNA 的诊断方法；iii) 作为抗性基因识别模型的序列宿主；iv) 基于基因组数据预测病原体影响；v) 增加合作项目和外展活动，以提高对森林病害的认识。