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Identification of genomic regions associated with early plant vigour in lentil (Lens culinaris)
Journal of Genetics ( IF 1.4 ) Pub Date : 2020-03-06 , DOI: 10.1007/s12041-020-1182-2
Rushikesh Mane , Megha Katoch , Maneet Singh , Reecha Sharma , T. R. Sharma , R. K. Chahota

Lentil is one of the most important food legume species, however its genetic and genomic resources remained largely uncharacterized and unexploited. In the past few years, a number of genetic maps have been constructed and marker resources have been developed in lentil. These resources could be exploited for understanding the extent and distribution of genetic variation in genus Lens and also for developing saturated and consensus genetic maps suitable for quantitative trait loci (QTL) mapping and marker-assisted selection. The present study aims to enrich polymerase chain reaction-based linkage map of F10 recombinant inbred lines (RILs) population of 94 individuals derived from cross WA8649090 × Precoz and identification of QTLs linked to early plant vigour traits. Of the 268 polymorphic markers (93 simple sequence repeats (SSR), three inter-simple sequence repeats (ISSRs) and 172 random amplified polymorphic DNA (RAPDs)), 265 (90 SSRs, three ISSRs and 172 RAPDs) were mapped on seven linkage groups, varying in length between 25.6 and 210.3 cM, coverage of 809.4 cM with an average marker spacing of 3.05 cM. The study also reported assigning of 24 new cross-genera SSRs of Trifolium pratense on the present linkage map. The RILs along with the parents were screened for shoot length, root length, seedling length, dry weight, number of leaves and number of branches based on two replications under polyhouse conditions. A QTL-hotspot consisting of six QTLs for shoot length (cm), root length (cm) and seedling length (cm) was observed between a map distances of 56.61 and 86.81 cM on LG1.

中文翻译:

识别与小扁豆早期植物活力相关的基因组区域(Lens culinaris)

扁豆是最重要的食用豆科植物之一,但其遗传和基因组资源在很大程度上仍未得到表征和开发。近年来,在扁豆上构建了一批遗传图谱并开发了标记资源。这些资源可用于了解 Lens 属遗传变异的范围和分布,也可用于开发适用于数量性状位点 (QTL) 定位和标记辅助选择的饱和和一致遗传图谱。本研究旨在丰富来自交叉WA8649090×Precoz的94个个体的F10重组自交系(RIL)群体的基于聚合酶链反应的连锁图,并鉴定与早期植物活力性状相关的QTL。在 268 个多态性标记(93 个简单序列重复 (SSR))中,三个简单序列间重复序列 (ISSR) 和 172 个随机扩增多态性 DNA (RAPD),265 个(90 个 SSR、三个 ISSR 和 172 个 RAPD)被定位在七个连锁群上,长度在 25.6 和 210.3 cM 之间变化,覆盖范围为 809.4厘米,平均标记间距为 3.05 厘米。该研究还报告了在目前的连锁图上分配了 24 个新的三叶草跨属 SSR。基于在温室条件下的两次重复,对 RIL 和亲本进行芽长、根长、幼苗长度、干重、叶数和分枝数的筛选。在 LG1 上的图距为 56.61 和 86.81 cM 之间观察到一个 QTL 热点,由六个 QTL 组成,分别是茎长 (cm)、根长 (cm) 和幼苗长度 (cm)。三个 ISSR 和 172 个 RAPD)被定位在七个连锁群上,长度在 25.6 到 210.3 cM 之间变化,覆盖范围为 809.4 cM,平均标记间距为 3.05 cM。该研究还报告了在目前的连锁图上分配了 24 个新的三叶草跨属 SSR。基于在温室条件下的两次重复,对 RIL 和亲本进行芽长、根长、幼苗长度、干重、叶数和分枝数的筛选。在 LG1 上的图距为 56.61 和 86.81 cM 之间观察到一个 QTL 热点,由六个 QTL 组成,分别是茎长 (cm)、根长 (cm) 和幼苗长度 (cm)。三个 ISSR 和 172 个 RAPD)被定位在七个连锁群上,长度在 25.6 到 210.3 cM 之间变化,覆盖范围为 809.4 cM,平均标记间距为 3.05 cM。该研究还报告了在目前的连锁图上分配了 24 个新的三叶草跨属 SSR。基于在温室条件下的两次重复,对 RIL 和亲本进行芽长、根长、幼苗长度、干重、叶数和分枝数的筛选。在 LG1 上的图距为 56.61 和 86.81 cM 之间观察到一个 QTL 热点,由六个 QTL 组成,分别是茎长 (cm)、根长 (cm) 和幼苗长度 (cm)。该研究还报告了在目前的连锁图上分配了 24 个新的三叶草跨属 SSR。基于在温室条件下的两次重复,对 RIL 和亲本进行芽长、根长、幼苗长度、干重、叶数和分枝数的筛选。在 LG1 上的图距为 56.61 和 86.81 cM 之间观察到一个 QTL 热点,由六个 QTL 组成,分别是茎长 (cm)、根长 (cm) 和幼苗长度 (cm)。该研究还报告了在目前的连锁图上分配了 24 个新的三叶草跨属 SSR。基于在温室条件下的两次重复,对 RIL 和亲本进行芽长、根长、幼苗长度、干重、叶数和分枝数的筛选。在 LG1 上的图距为 56.61 和 86.81 cM 之间观察到一个 QTL 热点,由六个 QTL 组成,分别是茎长 (cm)、根长 (cm) 和幼苗长度 (cm)。
更新日期:2020-03-06
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