BACKGROUND Microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) have become the most significant DNA marker technology used in genetic research. The availability of complete draft genomes for a number of Palmae species has made it possible to perform genome-wide analysis of SSRs in these species. Palm trees are tropical and subtropical plants with agricultural and economic importance due to the nutritional value of their fruit cultivars. OBJECTIVE This is the first comprehensive study examining and comparing microsatellites in completely-sequenced draft genomes of Palmae species. METHODS We identified and compared perfect SSRs with 1-6 bp nucleotide motifs to characterize microsatellites in Palmae species using PERF v0.2.5. We analyzed their relative abundance, relative density, and GC content in five palm species: Phoenix dactylifera, Cocos nucifera, Calamus simplicifolius, Elaeis oleifera, and Elaeis guineensis. RESULTS A total of 118241, 328189, 450753, 176608, and 70694 SSRs were identified, respectively. The six repeat types were not evenly distributed across the five genomes. Mono- and dinucleotide SSRs were the most abundant, and GC content was highest in tri- and hexanucleotide SSRs. CONCLUSION We envisage that this analysis would further substantiate more in-depth computational, biochemical, and molecular studies on the roles SSRs may play in the genome organization of the palm species. The current study contributes a detailed characterization of simple sequence repeats in palm genomes.

中文翻译：

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全基因组范围内的Palmae基因组中简单序列重复序列的表征。

背景技术微卫星或简单序列重复（SSR）已经成为遗传研究中使用的最重要的DNA标记技术。许多棕榈科物种的完整基因组草图的可用性使对这些物种中的SSR进行全基因组分析成为可能。棕榈树是热带和亚热带植物，由于其果实的营养价值，具有农业和经济意义。目的这是首次全面研究，比较和比较棕榈科植物完全测序的基因组草图中的微卫星。方法我们使用PERF v0.2.5鉴定并比较了具有1-6 bp核苷酸基序的完美SSR，以表征棕榈科植物中的微卫星。我们分析了五种棕榈树中的相对丰度，相对密度和GC含量：Phoenix dactylifera，椰子（Cocos nucifera），Cal蒲（Calamus simplicifolius），油茶（Elaeis oleifera）和几内亚（Elaeis guineensis）。结果共鉴定出118241、328189、450753、176608和70694个SSR。六个重复类型在五个基因组中分布不均。单核苷酸和二核苷酸SSR最丰富，而GC含量在三核苷酸和六核苷酸SSR中最高。结论我们认为，这种分析将进一步证实关于SSR在棕榈树种的基因组组织中所起作用的更深入的计算，生化和分子研究。当前的研究为棕榈基因组中简单序列重复的详细表征做出了贡献。六个重复类型在五个基因组中分布不均。单核苷酸和二核苷酸SSR最丰富，而GC含量在三核苷酸和六核苷酸SSR中最高。结论我们认为，这种分析将进一步证实关于SSR在棕榈树种的基因组组织中所起作用的更深入的计算，生化和分子研究。当前的研究为棕榈基因组中简单序列重复的详细表征做出了贡献。六个重复类型在五个基因组中分布不均。单核苷酸和二核苷酸SSR最丰富，而GC含量在三核苷酸和六核苷酸SSR中最高。结论我们认为，这种分析将进一步证实关于SSR在棕榈树种的基因组组织中所起作用的更深入的计算，生化和分子研究。当前的研究为棕榈基因组中简单序列重复的详细表征做出了贡献。有关SSR在棕榈树种的基因组组织中所起的作用的分子研究。当前的研究为棕榈基因组中简单序列重复的详细表征做出了贡献。有关SSR在棕榈树种的基因组组织中可能发挥作用的分子研究。当前的研究为棕榈基因组中简单序列重复的详细表征做出了贡献。