Cotton is a billion-dollar crop in Australia, especially in the regional areas of New South Wales (NSW) and Queensland. Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum (Fov) is of an important disease on cotton globally and in Australia. The Australian cotton industry is currently adopting highly resistant cultivars to Fov. Therefore, it is expected that Fusarium wilt pressure will be minimal on the cotton crop. However, we recovered a total of 186 putative Fusarium isolates from cotton seedlings exhibiting atypical symptoms of either Fusarium damping-off or Fusarium wilt sampled across NSW during the 2017/18 and 2018/19 seasons. On a basis of sequence analysis of the translation elongation factor 1-alpha (TEF1), eight Fusarium species were identified that being Fusarium oxysporum and F. equiseti species complex, F. falciforme, F. nygamai, F. brachygibbosum, F. acuminatum, F. chlamydosporum, and F. redolens. Of these, F. oxysporum species complex (FOSC) accounted for over 80% of the total number of isolates recovered. The predominant number of isolates (78.5%) were clustered with non-Australian Fov races 1–8. The remaining 21.5% of the FOSC isolates in our study was clustered with the Australian Fov biotypes, a unique phylogenetic group within the FOSC. Our study is the first TEF1-based assessment of Fusarium diversity associated with collar rot diseased cotton seedlings sampled across NSW, Australia.

中文翻译：

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从澳大利亚新南威尔士州腐烂病棉花幼苗中回收的镰刀菌物种的基于 TEF1 序列的多样性

棉花在澳大利亚是价值 10 亿美元的作物，尤其是在新南威尔士州 (NSW) 和昆士兰州的偏远地区。由尖孢镰刀菌 f. 引起的镰刀菌枯萎病。sp. vasinfectum (Fov) 是全球和澳大利亚棉花上的一种重要病害。澳大利亚棉花产业目前正在采用对 Fov 具有高度抗性的品种。因此，预计棉花枯萎病对棉花作物的压力将很小。然而，我们在 2017/18 和 2018/19 季节从新南威尔士州采样的棉花幼苗中总共回收了 186 株推定的镰刀菌分离株，这些棉苗表现出镰刀菌猝倒或枯萎病的非典型症状。在对翻译延伸因子 1-α (TEF1) 进行序列分析的基础上，鉴定出 8 种镰刀菌，即尖孢镰刀菌和木贼镰刀菌复合体、镰刀菌、镰刀菌。nygamai、F. brachygibbosum、F. acuminatum、F. chlamydosporum 和 F. redolens。其中，尖孢镰刀菌物种复合体 (FOSC) 占回收的分离株总数的 80% 以上。主要分离株数 (78.5%) 与非澳大利亚 Fov 种族 1-8 聚集在一起。在我们的研究中，其余 21.5% 的 FOSC 分离株与澳大利亚 Fov 生物型聚集在一起，这是 FOSC 中一个独特的系统发育组。我们的研究是首次基于 TEF1 评估与澳大利亚新南威尔士州采样的衣领腐烂病棉花幼苗相关的镰刀菌多样性。5%) 与非澳大利亚 Fov 种族 1-8 聚集在一起。在我们的研究中，其余 21.5% 的 FOSC 分离株与澳大利亚 Fov 生物型聚集在一起，这是 FOSC 中一个独特的系统发育组。我们的研究是首次基于 TEF1 评估与澳大利亚新南威尔士州采样的衣领腐烂病棉花幼苗相关的镰刀菌多样性。5%) 与非澳大利亚 Fov 种族 1-8 聚集在一起。在我们的研究中，其余 21.5% 的 FOSC 分离株与澳大利亚 Fov 生物型聚集在一起，这是 FOSC 中一个独特的系统发育组。我们的研究是首次基于 TEF1 评估与澳大利亚新南威尔士州采样的衣领腐烂病棉花幼苗相关的镰刀菌多样性。