BACKGROUND Since it is assumed that genetic interactions play an important role in understanding the mechanisms of complex diseases, different statistical approaches have been suggested in recent years for this task. One interesting approach is the entropy-based IGENT method by Kwon et al. that promises an efficient detection of main effects and interaction effects simultaneously. However, a modification is required if the aim is to only detect interaction effects. METHODS Based on the IGENT method, we present a modification that leads to a conditional mutual information based approach under the condition of linkage equilibrium. The modified estimator is investigated in a comprehensive simulation based on five genetic interaction models and applied to real data from the genome-wide association study by the North American Rheumatoid Arthritis Consortium (NARAC). RESULTS The presented modification of IGENT controls the type I error in all simulated constellations. Furthermore, it provides high power for detecting pure interactions specifically on unconventional genetic models both in simulation and real data. CONCLUSIONS The proposed method uses the IGENT software, which is free available, simple and fast, and detects pure interactions on unconventional genetic models. Our results demonstrate that this modification is an attractive complement to established analysis methods.

中文翻译：

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改进的基于熵的过程可检测非常规遗传模型中的基因-基因相互作用。

背景技术由于假定遗传相互作用在理解复杂疾病的机理中起着重要作用，因此近年来提出了不同的统计方法用于该任务。一种有趣的方法是Kwon等人的基于熵的IGENT方法。保证同时有效地检测主要作用和相互作用作用。但是，如果目的是仅检测交互作用，则需要进行修改。方法基于IGENT方法，我们提出了一种修改，该修改导致在链接平衡条件下基于条件互信息的方法。在基于五种遗传相互作用模型的综合模拟中对修改后的估算器进行了研究，并将其应用于来自北美类风湿关节炎协会（NARAC）的全基因组关联研究的真实数据。结果提出的IGENT修改可控制所有模拟星座中的I型错误。此外，它还提供了强大的功能，可用于检测模拟和实际数据中非常规遗传模型上的纯相互作用，尤其是非常规遗传模型上的纯相互作用。结论所提出的方法使用了IGENT软件，该软件免费，简单，快速，并且可以检测非常规遗传模型上的纯相互作用。我们的结果表明，这种修饰是对既定分析方法的一种有吸引力的补充。结果提出的IGENT修改可控制所有模拟星座中的I型错误。此外，它还提供了强大的功能，可用于检测模拟和实际数据中非常规遗传模型上的纯相互作用，尤其是非常规遗传模型上的纯相互作用。结论所提出的方法使用IGENT软件，该软件免费，简单，快速，并且可以检测非常规遗传模型上的纯相互作用。我们的结果表明，这种修饰是对既定分析方法的一种有吸引力的补充。结果提出的IGENT修改可控制所有模拟星座中的I型错误。此外，它还提供了强大的功能，可用于检测模拟和实际数据中非常规遗传模型上的纯相互作用，尤其是非常规遗传模型上的纯相互作用。结论所提出的方法使用IGENT软件，该软件免费，简单，快速，并且可以检测非常规遗传模型上的纯相互作用。我们的结果表明，这种修饰是对既定分析方法的一种有吸引力的补充。