An increasing number of studies have shown that quantitative trait loci (QTLs) at the end of chromosome 1 identified in different chicken breeds and populations exert significant effects on growth traits in chickens. Nevertheless, the causal genes underlying the QTL effect remain poorly understood. Using an updated gene database, a novel lncRNA (named LncFAM) was found at the end of chromosome 1 and located in a growth and digestion QTL. This study showed that the expression level of LncFAM in pancreas tissues with a high weight was significantly higher than that in pancreas tissues with a low weight, which indicates that the expression level of LncFAM was positively correlated with various growth phenotype indexes, such as growth speed and body weight. A polymorphism screening identified four polymorphisms with strong linkage disequilibrium in LncFAM: a 5-bp indel in the second exon, an A/G base mutation, and 7-bp and 97-bp indels in the second intron. A study of a 97-bp insertion in the second intron using an F2 chicken resource population produced by Anka and Gushi chickens showed that the mutant individuals with genotype II had the highest values for body weight (BW) at 0 days and 2, 4, 6, 8, 10 and 12 weeks, shank girth (SG) at 4, 8 and 12 weeks, chest width (CW) at 4, 8 and 12 weeks, body slant length (BSL) at 8 and 12 weeks, and pelvic width (PW) at 4, 8 and 12 weeks, followed by ID and DD genotypes. The amplification and typing of 2,716 chickens from ten different breeds, namely, the F2 chicken resource population, dual-type chickens, including Xichuan black-bone chickens, Lushi green-shell layers, Dongxiang green-shell layers, Changshun green-shell layers, and Gushi chickens, and commercial broilers, including Ross 308, AA, Cobb and Hubbard broilers, revealed that II was the dominant genotype. Interestingly, only genotype II existed among the tested populations of commercial broilers. Moreover, the expression level in the pancreas tissue of Ross 308 chickens was significantly higher than that in the pancreas tissue of Gushi chickens (P < 0.001), which might be related to the conversion rates among different chickens. The prediction and verification of the target gene of LncFAM showed that LncFAM might regulate the expression of its target gene FAM48A through cis-expression. Our results provide useful information on the mutation of LncFAM, which can be used as a potential molecular breeding marker.

中文翻译：

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分析位于鸡1号染色体上的生长QTL中的新lncRNA中四个完整连锁序列变体，与鸡的生长性状有关。

越来越多的研究表明，在不同鸡种和种群中鉴定到的1号染色体末端的数量性状位点（QTL）对鸡的生长性状具有重要影响。然而，对QTL影响的病因基因仍然知之甚少。使用更新的基因数据库，在1号染色体的末端发现了一个新的lncRNA（命名为LncFAM），位于生长和消化QTL中。这项研究表明，LncFAM在高体重胰腺组织中的表达水平显着高于低体重胰腺组织，这表明LncFAM的表达水平与各种生长表型指标如生长速度呈正相关。和体重。多态性筛选确定了LncFAM中具有强连锁不平衡的四个多态性：第二个外显子中有5 bp插入缺失，A / G碱基突变，第二个内含子中有7 bp和97 bp插入缺失。使用Anka和Gushi鸡生产的F2鸡资源种群对第二个内含子插入97 bp的研究表明，具有基因型II的突变个体在0天和2、4、4时具有最高的体重（BW）值。第6、8、10和12周，第4、8和12周有小腿围（SG），第4、8和12周有胸宽（CW），第8和12周有身体倾斜长度（BSL），骨盆宽度（PW）在第4、8和12周，然后是ID和DD基因型。F2鸡资源种群，西川黑鸡等10种不同品种的2716只鸡的扩增和分型 卢氏绿壳蛋鸡，东乡绿壳蛋鸡，长顺绿壳蛋鸡和固始鸡，以及包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内的商品肉鸡均显示II是主要基因型。有趣的是，在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。东乡绿壳蛋鸡，长顺绿壳蛋鸡和固始鸡，以及包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内的商品肉鸡均显示II是主要基因型。有趣的是，在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。东乡绿壳蛋鸡，长顺绿壳蛋鸡和固始鸡，以及包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内的商品肉鸡均显示II是主要基因型。有趣的是，在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡之间的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。长顺绿壳蛋鸡，固始鸡和包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内的商品肉鸡表明，II是主要基因型。有趣的是，在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡之间的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。长顺绿壳蛋鸡，固始鸡和包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内的商品肉鸡表明，II是主要基因型。有趣的是，在测试的商品肉鸡群体中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡之间的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内，都表明II是主要基因型。有趣的是，在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。包括Ross 308，AA，Cobb和Hubbard肉鸡在内，都表明II是主要基因型。有趣的是，在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡之间的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡之间的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。在测试的商业肉鸡种群中仅存在基因型II。此外，Ross 308鸡的胰腺组织中的表达水平显着高于固始鸡的胰腺组织中的表达水平（P <0.001），这可能与不同鸡之间的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。这可能与不同鸡的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。这可能与不同鸡的转化率有关。对LncFAM靶基因的预测和验证表明，LncFAM可能通过顺式表达调控其靶基因FAM48A的表达。我们的结果提供了有关LncFAM突变的有用信息，该突变可以用作潜在的分子育种标记。