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The HDOCK server for integrated protein-protein docking.
Nature Protocols ( IF 13.1 ) Pub Date : 2020-04-08 , DOI: 10.1038/s41596-020-0312-x Yumeng Yan 1 , Huanyu Tao 1 , Jiahua He 1 , Sheng-You Huang 1
Nature Protocols ( IF 13.1 ) Pub Date : 2020-04-08 , DOI: 10.1038/s41596-020-0312-x Yumeng Yan 1 , Huanyu Tao 1 , Jiahua He 1 , Sheng-You Huang 1
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The HDOCK server (http://hdock.phys.hust.edu.cn/) is a highly integrated suite of homology search, template-based modeling, structure prediction, macromolecular docking, biological information incorporation and job management for robust and fast protein-protein docking. With input information for receptor and ligand molecules (either amino acid sequences or Protein Data Bank structures), the server automatically predicts their interaction through a hybrid algorithm of template-based and template-free docking. The HDOCK server distinguishes itself from similar docking servers in its ability to support amino acid sequences as input and a hybrid docking strategy in which experimental information about the protein-protein binding site and small-angle X-ray scattering can be incorporated during the docking and post-docking processes. Moreover, HDOCK also supports protein-RNA/DNA docking with an intrinsic scoring function. The server delivers both template- and docking-based binding models of two molecules and allows for download and interactive visualization. The HDOCK server is user friendly and has processed >30,000 docking jobs since its official release in 2017. The server can normally complete a docking job within 30 min.
中文翻译：
用于集成蛋白质-蛋白质对接的 HDOCK 服务器。
HDOCK 服务器 (http://hdock.phys.hust.edu.cn/) 是一套高度集成的同源搜索、基于模板的建模、结构预测、大分子对接、生物信息整合和工作管理的强大和快速蛋白质套件-蛋白质对接。通过受体和配体分子（氨基酸序列或蛋白质数据库结构）的输入信息，服务器通过基于模板和无模板对接的混合算法自动预测它们的相互作用。HDOCK 服务器与类似的对接服务器的区别在于其支持氨基酸序列作为输入的能力和一种混合对接策略，其中可以在对接过程中整合有关蛋白质-蛋白质结合位点和小角度 X 射线散射的实验信息，对接后流程。而且，HDOCK 还支持具有内在评分功能的蛋白质-RNA/DNA 对接。该服务器提供两个分子的基于模板和对接的结合模型，并允许下载和交互式可视化。HDOCK服务器用户友好，自2017年正式发布以来，已经处理了超过30,000个对接工作。该服务器可以在30分钟内正常完成一个对接工作。
更新日期：2020-04-08
中文翻译：
用于集成蛋白质-蛋白质对接的 HDOCK 服务器。
HDOCK 服务器 (http://hdock.phys.hust.edu.cn/) 是一套高度集成的同源搜索、基于模板的建模、结构预测、大分子对接、生物信息整合和工作管理的强大和快速蛋白质套件-蛋白质对接。通过受体和配体分子（氨基酸序列或蛋白质数据库结构）的输入信息，服务器通过基于模板和无模板对接的混合算法自动预测它们的相互作用。HDOCK 服务器与类似的对接服务器的区别在于其支持氨基酸序列作为输入的能力和一种混合对接策略，其中可以在对接过程中整合有关蛋白质-蛋白质结合位点和小角度 X 射线散射的实验信息，对接后流程。而且，HDOCK 还支持具有内在评分功能的蛋白质-RNA/DNA 对接。该服务器提供两个分子的基于模板和对接的结合模型，并允许下载和交互式可视化。HDOCK服务器用户友好，自2017年正式发布以来，已经处理了超过30,000个对接工作。该服务器可以在30分钟内正常完成一个对接工作。
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