The angiosperm Apiaceae tribe Scandiceae includes four major clades—subtribes Daucinae, Ferulinae, Torilidinae, and Scandicinae—that originated ca. 20 Mya. Although all four subtribes are highly supported in molecular analyses, and morphological data indicate a sister relationship between Daucinae and Torilidinae, their branching order has not been resolved using standard Sanger multilocus data. Therefore, in this study, we test the utility of genomic RAD seq data in resolving deep phylogenetic relationships (up to 20 Mya) in Apiaceae subfamily Apioideae, with special emphasis on tribe Scandiceae using 12 representative species. We used two bioinformatic pipelines, pyRAD and RADIS (based on STACKS), to assemble RAD seq data and we tested the influence of various combinations of parameters on the robustness of the inferred tree topologies. Although different data processing approaches produced alignments with various amounts of missing data, they converged to two well‐supported topologies, irrespective of the phylogenetic method applied. Highly supported trees showed Scandicinae as sister to all other clades and indicated that Daucinae and Torilidinae are sister groups, thus confirming the relationship inferred from morphology. We conclude that the RAD seq method can be successfully used to resolve deep relationships formed 20 Mya within Apiaceae. We provide recommendations for parameter settings in RADIS and pyRAD for the analysis of taxa that have accumulated considerable genomic divergence.

中文翻译：

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使用 RAD-seq 重建高度分化的分类群的系统发育：使用斯堪的亚科 (Apiaceae) 部落的测试

被子植物 Apiaceae 部落 Scandiceae 包括四个主要分支——Daucinae、Ferulinae、Torilidinae 和 Scandicinae——起源于大约。20 妙。尽管所有四个亚部落在分子分析中都得到高度支持，并且形态学数据表明 Daucinae 和 Torilidinae 之间存在姐妹关系，但使用标准 Sanger 多位点数据尚未解决它们的分支顺序。因此，在本研究中，我们测试了基因组 RAD seq 数据在解析伞形科亚科 Apioideae 中深层系统发育关系（最多 20 个 Mya）中的效用，特别强调了使用 12 个代表性物种的斯堪的亚科。我们使用了两个生物信息学管道 pyRAD 和 RADIS（基于 STACKS）来组装 RAD seq 数据，并测试了各种参数组合对推断树拓扑结构稳健性的影响。尽管不同的数据处理方法与不同数量的缺失数据产生了对齐，但无论应用何种系统发育方法，它们都会收敛到两个得到充分支持的拓扑结构。高度支持的树显示 Scandicinae 是所有其他进化枝的姐妹，并表明 Daucinae 和 Torilidinae 是姐妹群，从而证实了从形态学推断的关系。我们得出结论，RAD seq 方法可以成功地用于解决伞形科内 20 Mya 形成的深层关系。我们为 RADIS 和 pyRAD 中的参数设置提供建议，以分析积累了相当大的基因组差异的分类群。高度支持的树显示 Scandicinae 是所有其他进化枝的姐妹，并表明 Daucinae 和 Torilidinae 是姐妹群，从而证实了从形态学推断的关系。我们得出结论，RAD seq 方法可以成功地用于解决伞形科内 20 Mya 形成的深层关系。我们为 RADIS 和 pyRAD 中的参数设置提供建议，以分析积累了相当大的基因组差异的分类群。高度支持的树显示 Scandicinae 是所有其他进化枝的姐妹，并表明 Daucinae 和 Torilidinae 是姐妹群，从而证实了从形态学推断的关系。我们得出结论，RAD seq 方法可以成功地用于解决伞形科内 20 Mya 形成的深层关系。我们为 RADIS 和 pyRAD 中的参数设置提供建议，以分析积累了相当大的基因组差异的分类群。