Tea is a highly cross-pollinated, woody, perennial tree. High heterozygosity combined with a long gestational period makes conventional breeding a cumbersome process. Therefore, marker-assisted breeding is a better alternative approach when compared with conventional breeding. Considering the large genome size of tea (~3 Gb), information about simple sequence repeat (SSR) is scanty. Thus, we have taken advantage of the recently published tea genomes to identify large numbers of SSR markers in the tea. Besides the genomic sequences, we identified SSRs from the other publicly available sequences such as RNA-seq, GSS, ESTs and organelle genomes (chloroplasts and mitochondrial) and also searched published literature to catalog validated set of tea SSR markers. The complete exercise yielded a total of 935 547 SSRs. Out of the total, 82 SSRs were selected for validation among a diverse set of tea genotypes. Six primers (each with four to six alleles, an average of five alleles per locus) out of the total 27 polymorphic primers were used for a diversity analysis in 36 tea genotypes with mean polymorphic information content of 0.61-0.76. Finally, using all the information generated in this study, we have developed a user-friendly database (TeaMiD; http://indianteagenome.in:8080/teamid/) that hosts SSR from all the six resources including three nuclear genomes of tea and transcriptome sequences of 17 Camellia wild species. Database URL: http://indianteagenome.in:8080/teamid/.

中文翻译：

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TeaMiD：一个简单的茶序列重复标记的综合数据库。

茶是一种高度异花授粉的木质多年生树。高杂合度和较长的妊娠期使常规育种过程繁琐。因此，与常规育种相比，标记辅助育种是更好的替代方法。考虑到茶的大基因组大小（约3 Gb），有关简单序列重复（SSR）的信息很少。因此，我们利用了最近发表的茶基因组来鉴定茶中的大量SSR标记。除了基因组序列外，我们还从其他可公开获得的序列（例如RNA-seq，GSS，EST和细胞器基因组（叶绿体和线粒体））中鉴定出SSR，还检索了已发表的文献以对经过验证的一组茶SSR标记进行分类。完整的练习总共产生了935547个SSR。在总数中，在82种不同的茶基因型中选择了82个SSR进行验证。在总共27种多态性引物中，有6种引物（每个具有4至6个等位基因，每个位点平均5个等位基因）被用于36种茶基因型的多样性分析，平均多态信息含量为0.61-0.76。最后，利用本研究中产生的所有信息，我们开发了一个用户友好的数据库（TeaMiD; http://indianteagenome.in:8080/teamid/），该数据库承载着所有六种资源的SSR，包括茶和茶的三个核基因组。 17个山茶野生物种的转录组序列。数据库网址：http：//indianteagenome.in：8080 / teamid /。在总共27种多态性引物中，平均每个位点有5个等位基因）用于36种茶基因型的多样性分析，这些基因型的平均多态性信息含量为0.61-0.76。最后，利用本研究中产生的所有信息，我们开发了一个用户友好的数据库（TeaMiD; http://indianteagenome.in:8080/teamid/），该数据库承载着所有六种资源的SSR，包括茶和茶的三个核基因组。 17个山茶野生物种的转录组序列。数据库网址：http：//indianteagenome.in：8080 / teamid /。在总共27种多态性引物中，平均每个位点有5个等位基因）用于36种茶基因型的多样性分析，这些基因型的平均多态性信息含量为0.61-0.76。最后，利用本研究中产生的所有信息，我们开发了一个用户友好的数据库（TeaMiD; http://indianteagenome.in:8080/teamid/），该数据库承载着所有六种资源的SSR，包括茶和茶的三个核基因组。 17个山茶野生物种的转录组序列。数据库网址：http：//indianteagenome.in：8080 / teamid /。8080 / teamid /）托管来自所有六种资源的SSR，包括三个茶的核基因组和17种山茶野生物种的转录组序列。数据库网址：http：//indianteagenome.in：8080 / teamid /。8080 / teamid /）托管来自所有六种资源的SSR，包括三个茶的核基因组和17种山茶野生物种的转录组序列。数据库网址：http：//indianteagenome.in：8080 / teamid /。