Recent studies on microbiome highlighted their importance in various environments including human, where they are involved in multiple biological contexts such as immune mechanism, drug response, and metabolism. The rapid increase of new findings in microbiome research is partly due to the technological advances in microbiome identification, including the next-generation sequencing technologies. Several applications of different next-generation sequencing platforms exist for microbiome identification, but the most popular method is using short-read sequencing technology to profile targeted regions of 16S rRNA genes of microbiome because of its low-cost and generally reliable performance of identifying overall microbiome compositions. The analysis of targeted 16S rRNA sequencing data requires multiple steps of data processing and systematic analysis, and many software tools have been proposed for such procedures. However, properly organizing and using such software tools still require certain level of expertise with computational environments. The purpose of this article is introducing the concept of computational analysis of 16S rRNA sequencing data to microbiologists and providing easy-to-follow and step-by-step instructions of using recent software tools of microbiome analysis. This instruction may be used as a quick guideline for general next-generation sequencing-based microbiome studies or a template of constructing own software pipelines for customized analysis.

中文翻译：

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基于16S rRNA测序的微生物组分类学分析指导

最近有关微生物组的研究强调了它们在包括人类在内的各种环境中的重要性，在这些环境中它们参与了多种生物学环境，例如免疫机制，药物反应和新陈代谢。微生物组研究中新发现的迅速增加，部分原因是微生物组鉴定技术的进步，包括下一代测序技术。存在多种不同的下一代测序平台用于微生物组鉴定的应用，但是最流行的方法是使用短读测序技术来鉴定微生物组的16S rRNA基因的靶向区域，因为它具有鉴定总体微生物组的低成本且通常可靠的性能。成分。靶向16S rRNA测序数据的分析需要数据处理和系统分析的多个步骤，并且已针对此类程序提出了许多软件工具。但是，正确组织和使用此类软件工具仍需要一定程度的计算机环境专业知识。本文的目的是向微生物学家介绍16S rRNA测序数据的计算分析概念，并提供使用最新的微生物组分析软件工具的易于遵循和分步说明。该说明可用作常规的基于下一代测序的微生物组研究的快速指南，也可以用作构建自己的软件管道以进行自定义分析的模板。正确组织和使用此类软件工具仍需要一定程度的计算机环境专业知识。本文的目的是向微生物学家介绍16S rRNA测序数据的计算分析概念，并提供使用最新的微生物组分析软件工具的易于遵循和分步说明。该说明可以用作一般的基于下一代测序的微生物组研究的快速指南，也可以用作构建用于自定义分析的软件管道的模板。正确组织和使用此类软件工具仍需要一定程度的计算机环境专业知识。本文的目的是向微生物学家介绍16S rRNA测序数据的计算分析概念，并提供使用最新的微生物组分析软件工具的易于遵循和分步说明。该说明可以用作一般的基于下一代测序的微生物组研究的快速指南，也可以用作构建用于自定义分析的软件管道的模板。本文的目的是向微生物学家介绍16S rRNA测序数据的计算分析概念，并提供使用最新的微生物组分析软件工具的易于遵循和分步说明。该说明可以用作一般的基于下一代测序的微生物组研究的快速指南，也可以用作构建用于自定义分析的软件管道的模板。本文的目的是向微生物学家介绍16S rRNA测序数据的计算分析概念，并提供使用最新的微生物组分析软件工具的易于遵循和分步说明。该说明可以用作一般的基于下一代测序的微生物组研究的快速指南，也可以用作构建用于自定义分析的软件管道的模板。