BACKGROUND Bacteriophages, the viruses infecting bacteria, are biological entities that can control their host populations. The ecological relevance of phages for microbial systems has been widely explored in aquatic environments, but the current understanding of the role of phages in terrestrial ecosystems remains limited. Here, our objective was to quantify the extent to which phages drive the assembly and functioning of soil bacterial communities. We performed a reciprocal transplant experiment using natural and sterilized soil incubated with different combinations of two soil microbial communities, challenged against native and non-native phage suspensions as well as against a cocktail of phage isolates. We tested three different community assembly scenarios by adding phages: (a) during soil colonization, (b) after colonization, and (c) in natural soil communities. One month after inoculation with phage suspensions, bacterial communities were assessed by 16S rRNA amplicon gene sequencing. RESULTS By comparing the treatments inoculated with active versus autoclaved phages, our results show that changes in phage pressure have the potential to impact soil bacterial community composition and diversity. We also found a positive effect of active phages on the soil ammonium concentration in a few treatments, which indicates that increased phage pressure may also be important for soil functions. CONCLUSIONS Overall, the present work contributes to expand the current knowledge about soil phages and provide some empirical evidence supporting their relevance for soil bacterial community assembly and functioning. Video Abstract.

中文翻译：

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在不同组装情况下噬菌体对土壤细菌群落和氮素有效性的影响。

背景技术噬菌体是感染细菌的病毒，是可以控制其宿主种群的生物实体。在水生环境中，已经广泛探索了噬菌体与微生物系统的生态相关性，但是目前对噬菌体在陆地生态系统中的作用的了解仍然有限。在这里，我们的目标是量化噬菌体驱动土壤细菌群落装配和功能的程度。我们使用天然和无菌土壤与两种土壤微生物群落的不同组合进行孵育，进行了对等移植实验，对天然和非天然噬菌体悬浮液以及噬菌体混合物进行了攻击。我们通过添加噬菌体测试了三种不同的社区组装场景：（a）在土壤定殖期间，（b）在定殖之后，（c）在自然土壤群落中。接种噬菌体悬浮液一个月后，通过16S rRNA扩增子基因测序评估细菌群落。结果通过比较接种活性噬菌体和高压灭菌噬菌体的处理，我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵盐浓度有积极影响，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。接种噬菌体悬液一个月后，通过16S rRNA扩增子基因测序评估细菌群落。结果通过比较接种活性噬菌体和高压灭菌噬菌体的处理，我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵态氮浓度有积极影响，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。接种噬菌体悬液一个月后，通过16S rRNA扩增子基因测序评估细菌群落。结果通过比较接种活性噬菌体和高压灭菌噬菌体的处理，我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵态氮浓度有积极影响，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。通过16S rRNA扩增子基因测序评估细菌群落。结果通过比较接种活性噬菌体和高压灭菌噬菌体的处理，我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵态氮浓度有积极影响，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。通过16S rRNA扩增子基因测序评估细菌群落。结果通过比较接种活性噬菌体和高压灭菌噬菌体的处理，我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵态氮浓度有积极影响，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵盐浓度具有积极作用，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。我们的结果表明，噬菌体压力的变化有可能影响土壤细菌群落组成和多样性。我们还发现在一些处理中活性噬菌体对土壤铵态氮浓度有积极影响，这表明增加的噬菌体压力可能对土壤功能也很重要。结论总体而言，目前的工作有助于扩展对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。目前的工作有助于扩大对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据支持它们与土壤细菌群落的组装和功能的相关性。录像摘要。目前的工作有助于扩大对土壤噬菌体的现有知识，并提供一些经验证据，支持它们与土壤细菌群落组装和功能的相关性。录像摘要。