Abstract Bacterial enteritis caused by Aeromonas hydrophila is one of the most common diseases in grass carp culture. There have been intensive reports on grass carp after A. hydrophila infection at the molecular level, but analyses of the intestinal microbiota are rare. In this study, histopathological sections were examined, and 16S rRNA sequencing was used to study the changes in the intestinal tissue and microbiota of grass carp after infection with A. hydrophila. Histological analysis indicated that the symptoms appeared at 12 h, were most severe at 6 d and 9 d, and did not recover until 15 d. Based on the community structure and diversity of the intestinal microbiota, acute fluctuations and dramatic increases occurred at 12 h, with decreases at 24–72 h, a rapid increase at 6–9 d and subsequent somewhat recovery. Four phyla (Proteobacteria, Fusobacteria, Bacteroidetes and Firmicutes), especially Proteobacteria, reflected fluctuations in the intestinal microbial composition at different time points. Potential functions also showed that immune- or disease-related pathways might dominate as feedback responses to pathogen (A. hydrophila) stimulation, and the expression of most of the marker functions increased from 0 h to 12 h, decreased at 24 h–72 h, increased to a peak at 6 d or 9 d, and then again decreased at 15 d. These findings could elucidate the dynamic changes in the intestinal microbiota that occur in response to A. hydrophila infection and might shed light on the mechanism of fish intestinal pathogenesis from the perspective of the intestinal microbiota.

中文翻译：

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用嗜水气单胞菌攻击草鱼（Ctenopharyngodon idellus）的肠道微生物分析

摘要 嗜水气单胞菌引起的细菌性肠炎是草鱼养殖中最常见的疾病之一。在分子水平上有大量关于草鱼感染嗜水链球菌后的报道，但对肠道微生物群的分析很少。本研究对组织病理切片进行了检查，并利用16S rRNA测序研究了草鱼感染嗜水链球菌后肠道组织和微生物群的变化。组织学分析表明，症状出现在12 h，6 d和9 d最为严重，直到15 d才恢复。根据肠道菌群的群落结构和多样性，12 h 出现剧烈波动和急剧增加，24-72 h 减少，6-9 d 快速增加，随后有所恢复。四门（变形菌门、Fusobacteria、Bacteroidetes 和 Firmicutes），尤其是变形杆菌，反映了不同时间点肠道微生物组成的波动。潜在功能还表明，免疫或疾病相关通路可能占主导地位，作为对病原体（A.hydrophila）刺激的反馈反应，大多数标记功能的表达从 0 小时增加到 12 小时，在 24 小时到 72 小时下降, 在 6 d 或 9 d 增加到峰值，然后在 15 d 再次下降。这些发现可以阐明响应于嗜水嗜水杆菌感染而发生的肠道微生物群的动态变化，并可能从肠道微生物群的角度阐明鱼类肠道发病机制。反映了不同时间点肠道微生物组成的波动。潜在功能还表明，免疫或疾病相关通路可能占主导地位，作为对病原体（A.hydrophila）刺激的反馈反应，大多数标记功能的表达从 0 小时增加到 12 小时，在 24 小时到 72 小时下降, 在 6 d 或 9 d 增加到峰值，然后在 15 d 再次下降。这些发现可以阐明响应于嗜水嗜水杆菌感染而发生的肠道微生物群的动态变化，并可能从肠道微生物群的角度阐明鱼类肠道发病机制。反映了不同时间点肠道微生物组成的波动。潜在功能还表明，免疫或疾病相关通路可能占主导地位，作为对病原体（A.hydrophila）刺激的反馈反应，大多数标记功能的表达从 0 小时增加到 12 小时，在 24 小时到 72 小时下降, 在 6 d 或 9 d 增加到峰值，然后在 15 d 再次下降。这些发现可以阐明响应于嗜水嗜水杆菌感染而发生的肠道微生物群的动态变化，并可能从肠道微生物群的角度阐明鱼类肠道发病机制。大多数标记功能的表达从0 h到12 h增加，在24 h-72 h下降，在6 d或9 d达到峰值，然后在15 d再次下降。这些发现可以阐明响应于嗜水嗜水杆菌感染而发生的肠道微生物群的动态变化，并可能从肠道微生物群的角度阐明鱼类肠道发病机制。大多数标记功能的表达从0 h到12 h增加，在24 h-72 h下降，在6 d或9 d达到峰值，然后在15 d再次下降。这些发现可以阐明响应于嗜水嗜水杆菌感染而发生的肠道微生物群的动态变化，并可能从肠道微生物群的角度阐明鱼类肠道发病机制。