RNA secondary structures play diverse roles in positive-sense (+) RNA virus infections, but those located with the replication protein coding sequence can be difficult to investigate. Structures that regulate the translation of replication proteins pose particular challenges, as their potential involvement in post-translational steps cannot be easily discerned independent of their roles in regulating translation. In the current study, we attempted to overcome these difficulties by providing viral replication proteins in trans. Specifically, we modified the plant-infecting turnip crinkle virus (TCV) into variants that are unable to translate one (p88) or both (p28 and p88) replication proteins, and complemented their replication with the corresponding replication protein(s) produced from separate, non-replicating constructs. This approach permitted us to re-examine the p28/p88 coding region for potential RNA elements needed for TCV replication. We found that, while more than a third of the p88 coding sequence could be deleted without substantially affecting viral RNA levels, two relatively small regions, known as RSE and IRE, were essential for robust accumulation of TCV genomic RNA, but not subgenomic RNAs. In particular, the RSE element, found previously to be required for regulating the translational read-through of p28 stop codon to produce p88, contained sub-elements needed for efficient replication of the TCV genome. Application of this new approach in other viruses could reveal novel RNA secondary structures vital for viral multiplication.

中文翻译：

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芜菁皱纹病毒复制蛋白编码区内RNA二级结构的翻译独立作用。

RNA二级结构在正向（+）RNA病毒感染中起着多种作用，但是位于复制蛋白编码序列中的那些二级结构可能很难进行研究。调节复制蛋白翻译的结构提出了特殊的挑战，因为它们独立于调节翻译的作用无法轻易地识别其潜在参与翻译后步骤。在当前的研究中，我们试图通过提供反式病毒复制蛋白来克服这些困难。具体来说，我们将感染植物的芜菁皱纹病毒（TCV）修改为无法翻译一种（p88）或两种翻译（p28和p88）复制蛋白的变体，并用从单独产生的相应复制蛋白来补充其复制。 ，非复制构造。这种方法使我们可以重新检查p28 / p88编码区，以获得TCV复制所需的潜在RNA元件。我们发现，虽然可以删除超过三分之一的p88编码序列，而不会实质性地影响病毒RNA的水平，但两个相对较小的区域（称为RSE和IRE）对于TCV基因组RNA（而非亚基因组RNA）的强大积累至关重要。特别地，以前发现调节p28终止密码子以产生p88的翻译通读所必需的RSE元件包含有效复制TCV基因组所需的子元件。这种新方法在其他病毒中的应用可以揭示对病毒增殖至关重要的新型RNA二级结构。尽管可以删除超过三分之一的p88编码序列，而不会实质上影响病毒RNA的水平，但是两个相对较小的区域（称为RSE和IRE）对于TCV基因组RNA（而非亚基因组RNA）的稳健积累至关重要。特别地，以前发现调节P28终止密码子以产生p88的翻译通读所必需的RSE元件包含有效复制TCV基因组所需的子元件。这种新方法在其他病毒中的应用可以揭示对病毒增殖至关重要的新型RNA二级结构。尽管可以删除超过三分之一的p88编码序列，而不会实质上影响病毒RNA的水平，但是两个相对较小的区域（称为RSE和IRE）对于TCV基因组RNA（而非亚基因组RNA）的稳健积累至关重要。特别地，以前发现调节P28终止密码子以产生p88的翻译通读所必需的RSE元件包含有效复制TCV基因组所需的子元件。这种新方法在其他病毒中的应用可以揭示对病毒增殖至关重要的新型RNA二级结构。以前发现调节P28终止密码子产生p88的翻译通读是必需的RSE元件，其中包含有效复制TCV基因组所需的子元件。这种新方法在其他病毒中的应用可以揭示对病毒增殖至关重要的新型RNA二级结构。以前发现调节P28终止密码子产生p88的翻译通读是必需的RSE元件，其中包含有效复制TCV基因组所需的子元件。这种新方法在其他病毒中的应用可以揭示对病毒增殖至关重要的新型RNA二级结构。