DNA sequencing is at the core of many molecular biology laboratories. Despite its long history, there is a lack of user-friendly Sanger sequencing data analysis tools that can be run interactively as a web application or at large-scale in batch from the command-line. We present Tracy, an efficient and versatile command-line application that enables basecalling, alignment, assembly and deconvolution of sequencing chromatogram files. Its companion web applications make all functionality of Tracy easily accessible using standard web browser technologies and interactive graphical user interfaces. Tracy can be easily integrated in large-scale pipelines and high-throughput settings, and it uses state-of-the-art file formats such as JSON and BCF for reporting chromatogram sequencing results and variant calls. The software is open-source and freely available at https://github.com/gear-genomics/tracy, the companion web applications are hosted at https://www.gear-genomics.com. Tracy can be routinely applied in large-scale validation efforts conducted in clinical genomics studies as well as for high-throughput genome editing techniques that require a fast and rapid method to confirm discovered variants or engineered mutations. Molecular biologists benefit from the companion web applications that enable installation-free Sanger chromatogram analyses using intuitive, graphical user interfaces.

中文翻译：

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Tracy：Sanger色谱图跟踪文件的碱基检出，对齐，组装和反卷积

DNA测序是许多分子生物学实验室的核心。尽管历史悠久，但仍然缺乏可以作为Web应用程序交互式运行或从命令行大规模批量运行的用户友好型Sanger测序数据分析工具。我们介绍了Tracy，这是一种高效且通用的命令行应用程序，可实现测序色谱文件的碱基检出，比对，组装和解卷积。其配套的Web应用程序使用标准Web浏览器技术和交互式图形用户界面可以轻松访问Tracy的所有功能。Tracy可以轻松集成到大规模管道和高通量设置中，并且使用最新的文件格式（例如JSON和BCF）来报告色谱图测序结果和变量调用。该软件是开源的，可从https://github.com/gear-genomics/tracy免费获得，随附的Web应用程序托管在https://www.gear-genomics.com。Tracy可以常规应用于临床基因组学研究中进行的大规模验证工作中，也可以应用于需要通过快速方法来确认发现的变体或工程突变的高通量基因组编辑技术。分子生物学家从附带的Web应用程序中受益，该Web应用程序使用直观的图形用户界面实现了无需安装的Sanger色谱分析。Tracy可以常规应用于临床基因组学研究中进行的大规模验证工作中，也可以应用于需要通过快速方法来确认发现的变体或工程突变的高通量基因组编辑技术。分子生物学家从附带的Web应用程序中受益，该Web应用程序使用直观的图形用户界面实现了无需安装的Sanger色谱分析。Tracy可以常规应用于临床基因组学研究中进行的大规模验证工作中，也可以应用于需要通过快速方法来确认发现的变体或工程突变的高通量基因组编辑技术。分子生物学家从附带的Web应用程序中受益，该Web应用程序使用直观的图形用户界面实现了无需安装的Sanger色谱分析。