Key Points Novel T. cruzi T cell epitopes were identified by immunoinformatics and immunoassaying. Six class II and 1 class I epitopes activate T cells from chronic Chagas patients. Epitope-specific T cells have different memory phenotype across donors. T cell–mediated immune response plays a crucial role in controlling Trypanosoma cruzi infection and parasite burden, but it is also involved in the clinical onset and progression of chronic Chagas’ disease. Therefore, the study of T cells is central to the understanding of the immune response against the parasite and its implications for the infected organism. The complexity of the parasite–host interactions hampers the identification and characterization of T cell–activating epitopes. We approached this issue by combining in silico and in vitro methods to interrogate patients’ T cells specificity. Fifty T. cruzi peptides predicted to bind a broad range of class I and II HLA molecules were selected for in vitro screening against PBMC samples from a cohort of chronic Chagas’ disease patients, using IFN-γ secretion as a readout. Seven of these peptides were shown to activate this type of T cell response, and four out of these contain class I and II epitopes that, to our knowledge, are first described in this study. The remaining three contain sequences that had been previously demonstrated to induce CD8+ T cell response in Chagas’ disease patients, or bind HLA-A*02:01, but are, in this study, demonstrated to engage CD4+ T cells. We also assessed the degree of differentiation of activated T cells and looked into the HLA variants that might restrict the recognition of these peptides in the context of human T. cruzi infection.

中文翻译：

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由来自南美锥虫病患者的 T 细胞识别的新型 I 类和 II 类克氏锥虫表位的计算机引导发现

关键点 通过免疫信息学和免疫分析鉴定了新型 T. cruzi T 细胞表位。六个 II 类和 1 个 I 类表位激活来自慢性恰加斯患者的 T 细胞。表位特异性 T 细胞在供者之间具有不同的记忆表型。T 细胞介导的免疫反应在控制克氏锥虫感染和寄生虫负担方面起着至关重要的作用，但它也参与了慢性恰加斯病的临床发病和进展。因此，T 细胞的研究对于了解针对寄生虫的免疫反应及其对受感染生物的影响至关重要。寄生虫-宿主相互作用的复杂性阻碍了 T 细胞激活表位的鉴定和表征。我们通过结合计算机和体外方法来询问患者的 T 细胞特异性来解决这个问题。选择了 50 种预测与广泛的 I 类和 II 类 HLA 分子结合的 T. cruzi 肽，用于针对来自一组慢性恰加斯病患者的 PBMC 样本进行体外筛选，使用 IFN-γ 分泌作为读数。这些肽中有七种被证明可以激活这种类型的 T 细胞反应，其中四种含有 I 类和 II 类表位，据我们所知，这些表位在本研究中首次被描述。其余三个序列包含先前已被证明可在恰加斯病患者中诱导 CD8+ T 细胞反应或结合 HLA-A*02:01 的序列，但在本研究中被证明与 CD4+ T 细胞结合。我们还评估了活化 T 细胞的分化程度，并研究了在人类克氏锥虫感染背景下可能会限制这些肽识别的 HLA 变体。选择预测结合广泛的 I 类和 II 类 HLA 分子的 cruzi 肽用于针对来自一组慢性恰加斯病患者的 PBMC 样本进行体外筛选，使用 IFN-γ 分泌作为读数。这些肽中有七种被证明可以激活这种类型的 T 细胞反应，其中四种含有 I 类和 II 类表位，据我们所知，这些表位在本研究中首次被描述。其余三个序列包含先前已被证明可在恰加斯病患者中诱导 CD8+ T 细胞反应或结合 HLA-A*02:01 的序列，但在本研究中被证明与 CD4+ T 细胞结合。我们还评估了活化 T 细胞的分化程度，并研究了在人类克氏锥虫感染背景下可能会限制这些肽识别的 HLA 变体。选择预测结合广泛的 I 类和 II 类 HLA 分子的 cruzi 肽用于针对来自一组慢性恰加斯病患者的 PBMC 样本进行体外筛选，使用 IFN-γ 分泌作为读数。这些肽中有七种被证明可以激活这种类型的 T 细胞反应，其中四种含有 I 类和 II 类表位，据我们所知，这些表位在本研究中首次被描述。其余三个序列包含先前已被证明可在恰加斯病患者中诱导 CD8+ T 细胞反应或结合 HLA-A*02:01 的序列，但在本研究中被证明与 CD4+ T 细胞结合。我们还评估了活化 T 细胞的分化程度，并研究了在人类克氏锥虫感染背景下可能会限制这些肽识别的 HLA 变体。