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In-plate toxicometabolomics of single zebrafish embryos.
Molecular Omics ( IF 3.0 ) Pub Date : 2020-03-06 , DOI: 10.1039/d0mo00007h Anton Ribbenstedt 1 , Malte Posselt , Carl Brunius , Jonathan P Benskin
Molecular Omics ( IF 3.0 ) Pub Date : 2020-03-06 , DOI: 10.1039/d0mo00007h Anton Ribbenstedt 1 , Malte Posselt , Carl Brunius , Jonathan P Benskin
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Toxicometabolomic studies involving zebrafish embryos have become increasingly popular for linking apical endpoints to biochemical perturbations as part of adverse outcome pathway determination. These experiments involve pooling embryos to generate sufficient biomass for metabolomic measurement, which adds both time and cost. To address this limitation, we developed a high-throughput toxicometabolomic assay involving single zebrafish embryos. Incubation, microscopy, embryo extraction, and instrumental metabolomic analysis were all performed in the same 96-well plate, following acquisition of conventional toxicological endpoints. The total time for the assay (including testing of 6 doses/n = 12 embryos per dose plus positive and negative controls, assessing conventional endpoints, instrumental analysis, data processing and multivariate statistics) is <14 days. Metabolomic perturbations at low dose were linked statistically to those observed at high dose and in the presence of an adverse effect, thereby contextualizing omic data amongst apical endpoints. Overall, this assay enables collection of high resolution metabolomic data in a high throughput manner, suitable for mode of action hypothesis generation in the context of pharmaceutical or toxicological screening.
中文翻译：
单个斑马鱼胚胎的板内毒理学研究。
涉及斑马鱼胚胎的毒物代谢组学研究越来越流行，其目的是将根尖终点与生化扰动联系起来，作为不良结果途径确定的一部分。这些实验涉及合并胚胎以产生足够的生物量用于代谢组学测量，这增加了时间和成本。为了解决这一局限性，我们开发了涉及单个斑马鱼胚胎的高通量毒物代谢组学检测方法。在获得常规毒理学终点后，均在同一96孔板中进行了孵育，显微镜检查，胚胎提取和仪器代谢组学分析。测定的总时间（包括6剂量/ n的检测每剂量= 12个胚胎加上阳性和阴性对照，评估常规终点，仪器分析，数据处理和多元统计）少于14天。低剂量的代谢组扰动在统计学上与高剂量且有不良反应时观察到的扰动相关，从而在顶端端点之间结合了眼部数据。总体而言，该测定法能够以高通量方式收集高分辨率代谢组学数据，适用于在药物或毒理学筛选中产生作用方式假设。
更新日期：2020-03-06
中文翻译：
单个斑马鱼胚胎的板内毒理学研究。
涉及斑马鱼胚胎的毒物代谢组学研究越来越流行，其目的是将根尖终点与生化扰动联系起来，作为不良结果途径确定的一部分。这些实验涉及合并胚胎以产生足够的生物量用于代谢组学测量，这增加了时间和成本。为了解决这一局限性，我们开发了涉及单个斑马鱼胚胎的高通量毒物代谢组学检测方法。在获得常规毒理学终点后，均在同一96孔板中进行了孵育，显微镜检查，胚胎提取和仪器代谢组学分析。测定的总时间（包括6剂量/ n的检测每剂量= 12个胚胎加上阳性和阴性对照，评估常规终点，仪器分析，数据处理和多元统计）少于14天。低剂量的代谢组扰动在统计学上与高剂量且有不良反应时观察到的扰动相关，从而在顶端端点之间结合了眼部数据。总体而言，该测定法能够以高通量方式收集高分辨率代谢组学数据，适用于在药物或毒理学筛选中产生作用方式假设。
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