Drosophila melanogaster is a well-established model organism that is widely used in genetic studies. This species enjoys the availability of a wide range of research tools, well-annotated reference databases and highly similar gene circuitry to other insects. To facilitate molecular mechanism studies in Drosophila, we present the Predicted Drosophila Interactome Resource (PDIR), a database of high-quality predicted functional gene interactions. These interactions were inferred from evidence in 10 public databases providing information for functional gene interactions from diverse perspectives. The current version of PDIR includes 102 835 putative functional associations with balanced sensitivity and specificity, which are expected to cover 22.56% of all Drosophila protein interactions. This set of functional interactions is a good reference for hypothesis formulation in molecular mechanism studies. At the same time, these interactions also serve as a high-quality reference interactome for gene set linkage analysis (GSLA), which is a web tool for the interpretation of the potential functional impacts of a set of changed genes observed in transcriptomics analyses. In a case study, we show that the PDIR/GSLA system was able to produce a more comprehensive and concise interpretation of the collective functional impact of multiple simultaneously changed genes compared with the widely used gene set annotation tools, including PANTHER and David. PDIR and its associated GSLA service can be accessed at http://drosophila.biomedtzc.cn.

中文翻译：

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果蝇Interactome预测资源和网络工具，用于差异表达基因的功能解释。

果蝇（Drosophila melanogaster）是一种成熟的模型生物，已广泛用于基因研究。该物种享有广泛的研究工具，注释完善的参考数据库以及与其他昆虫高度相似的基因电路。为了促进果蝇的分子机理研究，我们提出了果蝇相互作用预测资源（PDIR），这是高质量预测功能基因相互作用的数据库。这些相互作用是根据10个公共数据库中的证据推断出来的，这些数据库从不同的角度为功能基因的相互作用提供了信息。当前版本的PDIR包括102 835个推定的功能性关联，具有平衡的敏感性和特异性，预计将覆盖所有果蝇蛋白质相互作用的22.56％。这组功能性相互作用为分子机理研究中的假设表述提供了很好的参考。同时，这些相互作用还可以用作基因组连锁分析（GSLA）的高质量参考相互作用组，该组是解释转录组学分析中观察到的一组改变基因的潜在功能影响的网络工具。在一个案例研究中，我们表明，与广泛使用的基因集注释工具（包括PANTHER和David）相比，PDIR / GSLA系统能够对多个同时更改的基因的集体功能影响产生更为全面而简洁的解释。PDIR及其相关的GSLA服务可从http://drosophila.biomedtzc.cn访问。这些相互作用还可以作为基因组连锁分析（GSLA）的高质量参考相互作用组，该组是解释转录组学分析中观察到的一组改变的基因的潜在功能影响的网络工具。在一个案例研究中，我们表明，与广泛使用的基因集注释工具（包括PANTHER和David）相比，PDIR / GSLA系统能够对多个同时更改的基因的集体功能影响产生更为全面而简洁的解释。PDIR及其相关的GSLA服务可从http://drosophila.biomedtzc.cn访问。这些相互作用还可以作为基因组连锁分析（GSLA）的高质量参考相互作用组，该组是解释转录组学分析中观察到的一组改变的基因的潜在功能影响的网络工具。在一个案例研究中，我们表明，与广泛使用的基因集注释工具（包括PANTHER和David）相比，PDIR / GSLA系统能够对多个同时更改的基因的集体功能影响产生更为全面而简洁的解释。PDIR及其相关的GSLA服务可从http://drosophila.biomedtzc.cn访问。我们显示，与广泛使用的基因集注释工具（包括PANTHER和David）相比，PDIR / GSLA系统能够对多个同时发生变化的基因的集体功能影响产生更全面，简洁的解释。PDIR及其相关的GSLA服务可从http://drosophila.biomedtzc.cn访问。我们表明，与广泛使用的基因集注释工具（包括PANTHER和David）相比，PDIR / GSLA系统能够对多个同时改变的基因的集体功能影响产生更全面，简洁的解释。PDIR及其相关的GSLA服务可从http://drosophila.biomedtzc.cn访问。