The Symbiotic Genomes Database (SymGenDB; http://symbiogenomesdb.uv.es/) is a public resource of manually curated associations between organisms involved in symbiotic relationships, maintaining a catalog of completely sequenced/finished bacterial genomes exclusively. It originally consisted of three modules where users could search for the bacteria involved in a specific symbiotic relationship, their genomes and their genes (including their orthologs). In this update, we present an additional module that includes a representation of the metabolic network of each organism included in the database, as Directed Acyclic Graphs (MetaDAGs). This module provides unique opportunities to explore the metabolism of each individual organism and/or to evaluate the shared and joint metabolic capabilities of the organisms of the same genera included in our listing, allowing users to construct predictive analyses of metabolic associations and complementation between systems. We also report a ~25% increase in manually curated content in the database, i.e. bacterial genomes and their associations, with a final count of 2328 bacterial genomes associated to 498 hosts. We describe new querying possibilities for all the modules, as well as new display features for the MetaDAGs module, providing a relevant range of content and utility. This update continues to improve SymGenDB and can help elucidate the mechanisms by which organisms depend on each other.

中文翻译：

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共生基因组数据库（SymGenDB）的更新：共生生物的元数据，基因组，遗传和蛋白质序列，直向同源物和代谢网络的集合。

共生基因组数据库（SymGenDB; http://symbiogenomesdb.uv.es/）是涉及共生关系的生物体之间人工策划的关联的公共资源，仅维护完整测序/完成的细菌基因组的目录。它最初由三个模块组成，用户可以在其中搜索与特定共生关系有关的细菌，其基因组和基因（包括其直系同源物）。在此更新中，我们提供了一个附加模块，该模块包括有向无环图（MetaDAG）表示数据库中包括的每种生物的代谢网络。该模块提供了独特的机会来探索每个个体生物的代谢和/或评估我们列入清单的同属生物的共享和联合代谢能力，从而使用户能够构建代谢关联和系统之间互补性的预测分析。我们还报告了数据库中手动编辑的内容（即细菌基因组及其关联）增加了约25％，最终计数为498个主机的2328个细菌基因组。我们描述了所有模块的新查询可能性，以及MetaDAGs模块的新显示功能，提供了相关范围的内容和实用程序。此更新将继续改善SymGenDB，并有助于阐明生物相互依赖的机制。允许用户构建系统之间代谢关联和互补的预测分析。我们还报告了数据库中手动编辑的内容（即细菌基因组及其关联）增加了约25％，最终计数为498个主机的2328个细菌基因组。我们描述了所有模块的新查询可能性，以及MetaDAGs模块的新显示功能，提供了相关范围的内容和实用程序。此更新将继续改善SymGenDB，并有助于阐明生物相互依赖的机制。允许用户构建系统之间代谢关联和互补的预测分析。我们还报告了数据库中手动编辑的内容（即细菌基因组及其关联）增加了约25％，最终计数为498个主机的2328个细菌基因组。我们描述了所有模块的新查询可能性，以及MetaDAGs模块的新显示功能，提供了相关范围的内容和实用程序。此更新将继续改善SymGenDB，并有助于阐明生物相互依赖的机制。我们描述了所有模块的新查询可能性，以及MetaDAGs模块的新显示功能，提供了相关范围的内容和实用程序。此更新将继续改善SymGenDB，并有助于阐明生物相互依赖的机制。我们描述了所有模块的新查询可能性，以及MetaDAGs模块的新显示功能，提供了相关范围的内容和实用程序。此更新将继续改善SymGenDB，并有助于阐明生物相互依赖的机制。