Model-based accuracy, defined as the theoretical correlation between true and estimated breeding value, can be obtained for each individual as a function of its prediction error variance (PEV) and inbreeding coefficient F, in BLUP, GBLUP and SSGBLUP genetic evaluations. However, for computational convenience, inbreeding is often ignored in two places. First, in the computation of reliability = 1-PEV/(1 + F). Second, in the set-up, using Henderson's rules, of the inverse of the pedigree-based relationship matrix A. Both approximations have an effect in the computation of model-based accuracy and result in wrong values. In this work, first we present a reminder of the theory and extend it to SSGBLUP. Second, we quantify the error of ignoring inbreeding with real data in three scenarios: BLUP evaluation and SSGBLUP in Uruguayan dairy cattle, and BLUP evaluations in a line of rabbit closed for >40 generations with steady increase of inbreeding up to an average of 0.30. We show that ignoring inbreeding in the set-up of the A-inverse is equivalent to assume that non-inbred animals are actually inbred. This results in an increase of apparent PEV that is negligible for dairy cattle but considerable for rabbit. Ignoring inbreeding in reliability = 1-PEV/(1 + F) leads to underestimation of reliability for BLUP evaluations, and this underestimation is very large for rabbit. For SSGBLUP in dairy cattle, it leads to both underestimation and overestimation of reliability, both for genotyped and non-genotyped animals. We strongly recommend to include inbreeding both in the set-up of A-inverse and in the computation of reliability from PEVs.

中文翻译：

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忽略近亲繁殖对 BLUP 和 SSGBLUP 基于模型的准确性的影响

在 BLUP、GBLUP 和 SSGBLUP 遗传评估中，可以根据每个个体的预测误差方差 (PEV) 和近交系数 F 获得基于模型的准确性，定义为真实育种值与估计育种值之间的理论相关性。然而，为了计算方便，近亲繁殖经常在两个地方被忽略。首先，在可靠性的计算中= 1-PEV/(1 + F)。其次，在设置中，使用 Henderson 规则，基于系谱关系矩阵 A 的逆矩阵。这两种近似值都会影响基于模型的准确度的计算，并导致错误的值。在这项工作中，我们首先提出该理论的提示并将其扩展到 SSGBLUP。其次，我们在三种情况下用真实数据量化了忽略近亲繁殖的误差：乌拉圭奶牛的BLUP评估和SSGBLUP，和 BLUP 在一系兔中的评估关闭了 >40 代，近亲繁殖稳定增加至平均 0.30。我们表明，在 A-inverse 的设置中忽略近交相当于假设非近交动物实际上是近交的。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。40 代，近亲繁殖稳定增加，平均可达 0.30。我们表明，在 A-inverse 的设置中忽略近交相当于假设非近交动物实际上是近交的。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。40 代，近亲繁殖稳定增加，平均可达 0.30。我们表明，在 A-inverse 的设置中忽略近交相当于假设非近交动物实际上是近交的。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。我们表明，在 A-inverse 的设置中忽略近交相当于假设非近交动物实际上是近交的。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。我们表明，在 A-inverse 的设置中忽略近交相当于假设非近交动物实际上是近交的。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。这导致表观 PEV 的增加，这对于奶牛来说可以忽略不计，但对兔子来说却相当可观。忽略可靠性中的近亲繁殖 = 1-PEV/(1 + F) 会导致 BLUP 评估的可靠性被低估，而这种低估对于兔子来说非常大。对于奶牛中的 SSGBLUP，它导致对基因分型和非基因分型动物的可靠性的低估和高估。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。适用于基因分型和非基因分型的动物。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。适用于基因分型和非基因分型的动物。我们强烈建议在 A-inverse 的设置和 PEV 可靠性计算中包括近亲繁殖。