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Chromosomal mapping of repetitive sequences in Hyphessobrycon eques (Characiformes, Characidae): a special case of the spreading of 5S rDNA clusters in a genome
Genetica ( IF 1.3 ) Pub Date : 2020-01-29 , DOI: 10.1007/s10709-020-00086-3
Diovani Piscor 1, 2 , Leonardo Marcel Paiz 1 , Lucas Baumgärtner 1 , Fiorindo José Cerqueira 1 , Carlos Alexandre Fernandes 2 , Roberto Laridondo Lui 1 , Patricia Pasquali Parise-Maltempi 3 , Vladimir Pavan Margarido 1
Affiliation  

Cytogenetic data showed a variation in diploid chromosome number in the genus Hyphessobrycon ranging from 2n = 46 to 52, and studies involving repetitive DNA sequences are scarce in representatives of this genus. The purpose of this paper was the chromosomal mapping of repetitive sequences (rDNA, histone genes, U snDNA and microsatellites) and investigation of the amplification of 5S rDNA clusters in the Hyphessobrycon eques genome. Two H. eques populations displayed 2n = 52 chromosomes, with the acrocentric pair No. 24 bearing Ag-NORs corresponding with CMA3+/DAPI−. FISH with a 18S rDNA probe identified the NORs on the short (p) arms of the acrocentric pairs Nos. 22 and 24. The 5S rDNA probe visualized signals on almost all chromosomes in genomes of individuals from both populations (40 signals); FISH with H3 histone probe identified two chromosome pairs, with the pericentromeric location of signals; FISH with a U2 snDNA probe identified one chromosome pair bearing signals, on the interstitial chromosomal region. The mononucleotide (A), dinucleotide (CA) and tetranucleotide (GATA) repeats were observed on the centromeric/pericentromeric and/or terminal positions of all chromosomes, while the trinucleotide (CAG) repeat showed signals on few chromosomes. Molecular analysis of 5S rDNA and non-transcribed spacers (NTS) showed microsatellites (GATA and A repeats) and a fragment of retrotransposon (SINE3/5S-Sauria) inside the sequences. This study expanded the available cytogenetic data for H. eques and demonstrated to the dispersion of the 5S rDNA sequences on almost all chromosomes.

中文翻译:

Hyphessobrycon eques (Characiformes, Characidae) 中重复序列的染色体定位:5S rDNA 簇在基因组中传播的特例

细胞遗传学数据显示 Hyphessobrycon 属中二倍体染色体数目的变化范围从 2n = 46 到 52,并且在该属的代表中涉及重复 DNA 序列的研究很少。本文的目的是对重复序列(rDNA、组蛋白基因、U snDNA 和微卫星)进行染色体定位,并研究 Hyphessobrycon eques 基因组中 5S rDNA 簇的扩增。两个 H. eques 种群显示 2n = 52 条染色体,其中第 24 号近心对带有与 CMA3+/DAPI- 对应的 Ag-NOR。带有 18S rDNA 探针的 FISH 鉴定了第 22 和 24 号近心对的短(p)臂上的 NOR。5S rDNA 探针显示了来自两个种群的个体基因组中几乎所有染色体上的信号(40 个信号);FISH 与 H3 组蛋白探针鉴定了两对染色体,具有信号的着丝粒位置;带有 U2 snDNA 探针的 FISH 在间质染色体区域识别出一对带有信号的染色体。在所有染色体的着丝粒/近着丝粒和/或末端位置观察到单核苷酸 (A)、二核苷酸 (CA) 和四核苷酸 (GATA) 重复,而三核苷酸 (CAG) 重复在少数染色体上显示出信号。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。该研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。带有 U2 snDNA 探针的 FISH 在间质染色体区域识别出一对带有信号的染色体。在所有染色体的着丝粒/近着丝粒和/或末端位置观察到单核苷酸 (A)、二核苷酸 (CA) 和四核苷酸 (GATA) 重复,而三核苷酸 (CAG) 重复在少数染色体上显示出信号。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。该研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。带有 U2 snDNA 探针的 FISH 在间质染色体区域识别出一对带有信号的染色体。在所有染色体的着丝粒/近着丝粒和/或末端位置观察到单核苷酸 (A)、二核苷酸 (CA) 和四核苷酸 (GATA) 重复,而三核苷酸 (CAG) 重复在少数染色体上显示出信号。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。该研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。在所有染色体的着丝粒/近着丝粒和/或末端位置观察到二核苷酸 (CA) 和四核苷酸 (GATA) 重复,而三核苷酸 (CAG) 重复在少数染色体上显示出信号。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。该研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。在所有染色体的着丝粒/近着丝粒和/或末端位置观察到二核苷酸 (CA) 和四核苷酸 (GATA) 重复,而三核苷酸 (CAG) 重复在少数染色体上显示出信号。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。该研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。该研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。5S rDNA 和非转录间隔区 (NTS) 的分子分析显示序列内有微卫星(GATA 和 A 重复)和反转录转座子片段(SINE3/5S-Sauria)。这项研究扩展了马蹄疫的可用细胞遗传学数据,并证明了 5S rDNA 序列在几乎所有染色体上的分散。
更新日期:2020-01-29
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