Aeromonas dhakensis is an emergent human pathogen with medical importance. This study was aimed to determine the sequence types (STs), genetic diversity, and phylogenetic relationships of different clinical sources of 47 A. dhakensis from Malaysia using multilocus sequence typing (MLST), goeBURST, and phylogenetic analyses. The analysis of a concatenated six-gene tree with a nucleotide length of 2994 bp based on six housekeeping genes (gyrB, groL, gltA, metG, ppsA, and recA) and independent analyses of single gene fragments was performed. MLST was able to group 47 A. dhakensis from our collection into 36 STs in which 34 STs are novel STs. The most abundant ST521 consisted of five strains from peritoneal fluid and two strains from stools. Comparison of 62 global A. dhakensis was carried out via goeBURST; 94.4% (34/36) of the identified STs are novel and unique in Malaysia. Two STs (111 and 541) were grouped into clonal complexes among our strains and 32 STs occurred as singletons. Single-gene phylogenetic trees showed varying topologies; groL and rpoD grouped all A. dhakensis into a tight-cluster with bootstrap values of 100% and 99%, respectively. A poor phylogenetic resolution encountered in single-gene analyses was buffered by the multilocus phylogenetic tree that offered high discriminatory power (bootstrap value = 100%) in resolving all A. dhakensis from A. hydrophila and delineating the relationship among other taxa. Genetic diversity analysis showed groL as the most conserved gene and ppsA as the most variable gene. This study revealed novel STs and high genetic diversity among clinical A. dhakensis from Malaysia.

中文翻译：

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马来西亚临床气单胞菌的遗传相关性和新序列类型

达肯气单胞菌是一种具有医学重要性的新兴人类病原体。本研究旨在使用多位点序列分型 (MLST)、goeBURST 和系统发育分析确定来自马来西亚的 47 株 A. dhakensis 不同临床来源的序列类型 (ST)、遗传多样性和系统发育关系。对基于六个看家基因（gyrB、groL、gltA、metG、ppsA 和 recA）的核苷酸长度为 2994 bp 的串联六基因树进行了分析，并对单个基因片段进行了独立分析。MLST 能够将我们收集的 47 只 A. dhakensis 分为 36 个 ST，其中 34 个 ST 是新的 ST。最丰富的 ST521 由来自腹膜液的 5 株菌株和来自粪便的 2 株菌株组成。通过goeBURST对62个全球A. dhakensis进行了比较；94. 4% (34/36) 已识别的 ST 在马来西亚是新颖且独特的。两个 STs（111 和 541）在我们的菌株中被分组为克隆复合体，32 个 STs 作为单例出现。单基因系统发育树表现出不同的拓扑结构；groL 和 rpoD 将所有 A. dhakensis 分组为一个紧密集群，bootstrap 值分别为 100% 和 99%。单基因分析中遇到的系统发育分辨率不佳被多位点系统发育树缓冲，该树在解析所有 A. dhakensis 与 A. hydrophila 并描绘其他分类群之间的关系时提供了高辨别力（引导值 = 100%）。遗传多样性分析表明，groL 是最保守的基因，ppsA 是变化最大的基因。这项研究揭示了来自马来西亚的临床 A. dhakensis 的新 STs 和高遗传多样性。两个 STs（111 和 541）在我们的菌株中被分组为克隆复合体，32 个 STs 作为单例出现。单基因系统发育树表现出不同的拓扑结构；groL 和 rpoD 将所有 A. dhakensis 分组为一个紧密集群，bootstrap 值分别为 100% 和 99%。在单基因分析中遇到的系统发育分辨率不佳被多位点系统发育树缓冲，该树在解析所有 A. dhakensis 与 A. hydrophila 并描绘其他分类群之间的关系时提供了高辨别力（引导值 = 100%）。遗传多样性分析表明，groL 是最保守的基因，ppsA 是变化最大的基因。这项研究揭示了来自马来西亚的临床 A. dhakensis 的新 STs 和高遗传多样性。两个 STs（111 和 541）在我们的菌株中被分组为克隆复合体，32 个 STs 作为单例出现。单基因系统发育树表现出不同的拓扑结构；groL 和 rpoD 将所有 A. dhakensis 分组为一个紧密集群，bootstrap 值分别为 100% 和 99%。在单基因分析中遇到的系统发育分辨率不佳被多位点系统发育树缓冲，该树在解析所有 A. dhakensis 与 A. hydrophila 并描绘其他分类群之间的关系时提供了高辨别力（引导值 = 100%）。遗传多样性分析表明，groL 是最保守的基因，ppsA 是变化最大的基因。这项研究揭示了来自马来西亚的临床 A. dhakensis 的新 STs 和高遗传多样性。