In response to environmental temperature depression in the fall and winter, American alligators (Alligator mississippiensis) brumate. Brumation is characterized by lethargy, fasting, decreased metabolism, and decreased body temperature. During brumation, alligators will periodically emerge for basking or other encounters when environmental conditions permit. This sporadic activity and lack of nutrient intake may place strain on nutrient reserves. Nutrient scarcity, at the cellular and/or organismal level, promotes autophagy, a well-conserved subcellular catabolic process used to maintain energy homeostasis during periods of metabolic or hypoxic stress. An analysis of the putative alligator autophagy-related proteins has been conducted, and the results will be used to investigate the physiological role of autophagy during the brumation period. Using published genomic data, we have determined that autophagy is highly conserved, and alligator amino acid sequences exhibit a high percentage of identity with human homologs. Transcriptome analysis conducted using liver tissue derived from alligators confirmed the expression of one or more isoforms of each of the 34 autophagy initiation and elongation genes assayed. Five autophagy-related proteins (ATG5, ATG9A, BECN1, ATG16L1, and MAP1-LC3B), with functions spanning the major stages of autophagy, have been detected in alligator liver tissue by western blot analysis. In addition, ATG5 was detected in alligator liver tissue by immunohistochemistry. This is the first characterization of autophagy in crocodylians, and the first description of autophagy-related protein expression in whole blood.

中文翻译：

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在美洲短吻鳄（Alligator mississippiensis）中自噬的检测和分析。

为了应对秋季和冬季的环境温度下降，美国短吻鳄（Alligator mississippiensis）会发汗。瘀伤的特征是嗜睡，禁食，新陈代谢下降和体温下降。在淤青期间，在环境条件允许的情况下，鳄鱼会定期出现以晒太阳或其他情况。这种零星的活动和缺乏养分的摄入可能使养分储备紧张。在细胞和/或有机体水平上，营养缺乏会促进自噬，这是一种保存良好的亚细胞分解代谢过程，用于在代谢或低氧应激期间维持能量稳态。已经对扬子鳄自噬相关蛋白进行了分析，并将其结果用于研究在青紫阶段自噬的生理作用。使用公开的基因组数据，我们已经确定自噬是高度保守的，并且扬子鳄氨基酸序列与人类同源物具有很高的同一性。使用来源于鳄鱼皮的肝脏组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。我们已经确定自噬是高度保守的，并且扬子鳄氨基酸序列与人类同源物具有很高的同一性。使用来源于鳄鱼皮的肝脏组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。我们已经确定自噬是高度保守的，并且扬子鳄氨基酸序列与人类同源物具有很高的同一性。使用来源于鳄鱼皮的肝脏组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。鳄鱼氨基酸序列与人同源物具有很高的同一性。使用来源于鳄鱼皮的肝脏组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。鳄鱼氨基酸序列与人同源物具有很高的同一性。使用来源于鳄鱼皮的肝脏组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。使用源自鳄鱼皮的肝组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。使用来源于鳄鱼皮的肝脏组织进行的转录组分析证实了所分析的34种自噬起始和延伸基因中每一种的一种或多种同工型的表达。通过免疫印迹分析，已在鳄鱼肝组织中检测到五种自噬相关蛋白（ATG5，ATG9A，BECN1，ATG16L1和MAP1-LC3B），其功能跨越自噬的主要阶段。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。Western blot分析已在鳄鱼肝组织中检测到。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。通过蛋白质印迹分析已在鳄鱼肝组织中检测到。另外，通过免疫组织化学在鳄鱼肝组织中检测到ATG5。这是鳄鱼中自噬的第一个特征，也是全血中自噬相关蛋白表达的第一个描述。