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Urine Proteomics: Evaluation of Different Sample Preparation Workflows for Quantitative, Reproducible, and Improved Depth of Analysis.
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2020-03-04 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00772 Hua Ding 1 , Hossein Fazelinia 1 , Lynn A Spruce 1 , Dana A Weiss 2 , Stephen A Zderic 2 , Steven H Seeholzer 1
Journal of Proteome Research ( IF 3.8 ) Pub Date : 2020-03-04 , DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00772 Hua Ding 1 , Hossein Fazelinia 1 , Lynn A Spruce 1 , Dana A Weiss 2 , Stephen A Zderic 2 , Steven H Seeholzer 1
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The growing field of urinary proteomics shows promise to expand the number of biomarkers for diagnosis and prognosis of a number of human diseases. With the rapid developments in mass spectrometry methods for proteome quantification, there exists an opportunity for improved sample processing and separation workflows to make important contributions to urine proteomic analyses. Here, we evaluate the performance of four sample preparation methods: MStern, PreOmics In-StageTip (iST), Suspension-trapping (S-Trap), and conventional urea In-Solution trypsin hydrolysis for non-depleted urine samples. Data Dependent Acquisition (DDA) mode on QE-HF was used for single-shot label-free data acquisition. Our resµts demonstrate a high degree of reproducibility within each workflow. PreOmics iST yields the best digestion efficiency while S-trap workflow gave the greatest number of peptide and protein identifications. Using S-trap method, and starting with ~0.5mL we identify ~1500 protein groups and ~17700 peptides from DDA analysis with a single injection to the mass spectrometer.
中文翻译：
尿蛋白质组学：评估不同样品制备工作流程的定量，可重复和改进的分析深度。
不断增长的泌尿蛋白质组学领域显示出有望扩大用于诊断和预后多种人类疾病的生物标志物的数量。随着用于蛋白质组定量的质谱方法的迅速发展，存在改善样品处理和分离工作流程的机会，从而为尿液蛋白质组分析做出重要贡献。在这里，我们评估了四种样品制备方法的性能：MStern，PreOmics In-StageTip（iST），悬浮捕集（S-Trap）和常规尿素In-solution胰蛋白酶水解的非消耗性尿液样品。QE-HF上的数据相关采集（DDA）模式用于单次无标签数据采集。我们的结果表明，每个工作流程都具有高度的可重复性。PreOmics iST产生最佳的消化效率，而S-trap工作流程可提供最多的肽和蛋白质鉴定。使用S-trap方法，从〜0.5mL开始，我们通过一次进样到质谱仪的DDA分析中鉴定了约1500个蛋白质组和〜17700个肽。
更新日期：2020-04-24
中文翻译：
尿蛋白质组学：评估不同样品制备工作流程的定量，可重复和改进的分析深度。
不断增长的泌尿蛋白质组学领域显示出有望扩大用于诊断和预后多种人类疾病的生物标志物的数量。随着用于蛋白质组定量的质谱方法的迅速发展，存在改善样品处理和分离工作流程的机会，从而为尿液蛋白质组分析做出重要贡献。在这里，我们评估了四种样品制备方法的性能：MStern，PreOmics In-StageTip（iST），悬浮捕集（S-Trap）和常规尿素In-solution胰蛋白酶水解的非消耗性尿液样品。QE-HF上的数据相关采集（DDA）模式用于单次无标签数据采集。我们的结果表明，每个工作流程都具有高度的可重复性。PreOmics iST产生最佳的消化效率，而S-trap工作流程可提供最多的肽和蛋白质鉴定。使用S-trap方法，从〜0.5mL开始，我们通过一次进样到质谱仪的DDA分析中鉴定了约1500个蛋白质组和〜17700个肽。
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