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pinkIndexer - a universal indexer for pink-beam X-ray and electron diffraction snapshots.
Acta Crystallographica Section A: Foundations and Advances ( IF 1.9 ) Pub Date : 2020-01-10 , DOI: 10.1107/s2053273319015559 Yaroslav Gevorkov 1 , Anton Barty 1 , Wolfgang Brehm 1 , Thomas A White 1 , Aleksandra Tolstikova 1 , Max O Wiedorn 1 , Alke Meents 1 , Rolf Rainer Grigat 2 , Henry N Chapman 1 , Oleksandr Yefanov 1
Acta Crystallographica Section A: Foundations and Advances ( IF 1.9 ) Pub Date : 2020-01-10 , DOI: 10.1107/s2053273319015559 Yaroslav Gevorkov 1 , Anton Barty 1 , Wolfgang Brehm 1 , Thomas A White 1 , Aleksandra Tolstikova 1 , Max O Wiedorn 1 , Alke Meents 1 , Rolf Rainer Grigat 2 , Henry N Chapman 1 , Oleksandr Yefanov 1
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A crystallographic indexing algorithm, pinkIndexer, is presented for the analysis of snapshot diffraction patterns. It can be used in a variety of contexts including measurements made with a monochromatic radiation source, a polychromatic source or with radiation of very short wavelength. As such, the algorithm is particularly suited to automated data processing for two emerging measurement techniques for macromolecular structure determination: serial pink-beam X-ray crystallography and serial electron crystallography, which until now lacked reliable programs for analyzing many individual diffraction patterns from crystals of uncorrelated orientation. The algorithm requires approximate knowledge of the unit-cell parameters of the crystal, but not the wavelengths associated with each Bragg spot. The use of pinkIndexer is demonstrated by obtaining 1005 lattices from a published pink-beam serial crystallography data set that had previously yielded 140 indexed lattices. Additionally, in tests on experimental serial crystallography diffraction data recorded with quasi-monochromatic X-rays and with electrons the algorithm indexed more patterns than other programs tested.
中文翻译：
PinkIndexer - 用于粉红束 X 射线和电子衍射快照的通用索引器。
提出了一种晶体学索引算法，pinkIndexer，用于分析快照衍射图案。它可用于多种环境，包括使用单色辐射源、多色源或非常短波长的辐射进行的测量。因此，该算法特别适合两种新兴的大分子结构测定测量技术的自动数据处理：串行粉红束 X 射线晶体学和串行电子晶体学，迄今为止，这些技术缺乏可靠的程序来分析来自晶体的许多单独的衍射图案。不相关的方向。该算法需要大致了解晶体的晶胞参数，但不需要与每个布拉格点相关的波长。PinkIndexer 的使用通过从已发布的粉红束系列晶体学数据集中获取 1005 个晶格来进行演示，该数据集之前已生成 140 个索引晶格。此外，在对用准单色 X 射线和电子记录的实验串行晶体学衍射数据进行的测试中，该算法比其他测试程序索引了更多的图案。
更新日期：2020-01-10
中文翻译：
PinkIndexer - 用于粉红束 X 射线和电子衍射快照的通用索引器。
提出了一种晶体学索引算法，pinkIndexer，用于分析快照衍射图案。它可用于多种环境，包括使用单色辐射源、多色源或非常短波长的辐射进行的测量。因此，该算法特别适合两种新兴的大分子结构测定测量技术的自动数据处理：串行粉红束 X 射线晶体学和串行电子晶体学，迄今为止，这些技术缺乏可靠的程序来分析来自晶体的许多单独的衍射图案。不相关的方向。该算法需要大致了解晶体的晶胞参数，但不需要与每个布拉格点相关的波长。PinkIndexer 的使用通过从已发布的粉红束系列晶体学数据集中获取 1005 个晶格来进行演示，该数据集之前已生成 140 个索引晶格。此外，在对用准单色 X 射线和电子记录的实验串行晶体学衍射数据进行的测试中，该算法比其他测试程序索引了更多的图案。
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