Human rotavirus remains a major cause of gastroenteritis worldwide despite the availability of effective vaccines. In this study, we investigated the genetic diversity of rotaviruses circulating in Lebanon. We genetically characterized the VP4 and VP7 genes encoding the outer capsid proteins of 132 rotavirus-associated gastroenteritis specimens, previously identified in hospitalized children (<5 years) from 2011 to 2013 in Lebanon. These included 43 vaccine-breakthrough specimens and the remainder were from non-vaccinated subjects. Phylogenetic analysis of VP4 and VP7 genes revealed distinct clustering compared to the vaccine strains, and several substitutions were identified in the antigenic epitopes of Lebanese specimens. No unique changes were identified in the breakthrough specimens compared to non-breakthroughs that could explain the occurrence of infection in vaccinated children. Further, we report the emergence of a rare P[8] OP354-like strain with a G9 VP7 in Lebanon, possessing high genetic variability in their VP4 compared to vaccine strains. Therefore, human rotavirus strains circulating in Lebanon and globally have accumulated numerous substitutions in their antigenic sites compared to those currently used in the licensed vaccines. The successful spread and continued genetic drift of these strains over time might undermine the effectiveness of the vaccines. The effect of such changes in the antigenic sites on vaccine efficacy remains to be assessed.

尽管有有效的疫苗，人类轮状病毒仍是全世界胃肠炎的主要原因。在这项研究中，我们调查了在黎巴嫩流行的轮状病毒的遗传多样性。我们对132例轮状病毒相关性胃肠炎标本的外衣壳蛋白编码的VP4和VP7基因进行了遗传鉴定，这些标本先前于2011年至2013年在黎巴嫩住院的儿童中（<5岁）被鉴定出来。其中包括43个突破疫苗的标本，其余均来自未接种疫苗的受试者。VP4和VP7基因的系统发育分析显示，与疫苗株相比，簇明显不同，并且在黎巴嫩标本的抗原表位中鉴定出数种替代。与非突破相比，突破性标本中没有发现独特的变化，这可以解释接种儿童的感染发生情况。此外，我们报道了在黎巴嫩出现了一种带有G9 VP7的罕见P [8] OP354样菌株，与疫苗株相比，它们的VP4具有高遗传变异性。因此，与目前在许可疫苗中使用的那些相比，在黎巴嫩和全球范围内传播的人类轮状病毒毒株在其抗原位点已积累了许多替代。随着时间的推移，这些菌株的成功传播和持续的遗传漂移可能会破坏疫苗的有效性。抗原位点的这种改变对疫苗功效的影响尚待评估。我们报道了在黎巴嫩出现的带有G9 VP7的罕见P [8] OP354样毒株，与疫苗株相比，它们的VP4具有高遗传变异性。因此，与目前在许可疫苗中使用的那些相比，在黎巴嫩和全球范围内传播的人类轮状病毒毒株在其抗原位点已积累了许多替代。随着时间的推移，这些菌株的成功传播和持续的遗传漂移可能会破坏疫苗的有效性。抗原位点的这种改变对疫苗功效的影响尚待评估。我们报道了在黎巴嫩出现的带有G9 VP7的罕见P [8] OP354样毒株，与疫苗株相比，它们的VP4具有高遗传变异性。因此，与目前在许可疫苗中使用的那些相比，在黎巴嫩和全球范围内传播的人类轮状病毒株在其抗原位点已积累了许多替代。随着时间的推移，这些菌株的成功传播和持续的遗传漂移可能会破坏疫苗的有效性。抗原位点的这种改变对疫苗功效的影响尚待评估。与目前在许可疫苗中使用的那些相比，在黎巴嫩和全球范围内传播的人类轮状病毒毒株在其抗原位点已积累了许多取代。随着时间的推移，这些菌株的成功传播和持续的遗传漂移可能会破坏疫苗的有效性。抗原位点的这种改变对疫苗功效的影响尚待评估。与目前在许可疫苗中使用的那些相比，在黎巴嫩和全球范围内传播的人类轮状病毒毒株在其抗原位点已积累了许多取代。随着时间的推移，这些菌株的成功传播和持续的遗传漂移可能会破坏疫苗的有效性。抗原位点的这种改变对疫苗功效的影响尚待评估。