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A census of pathway maps in cancer systems biology.
Nature Reviews Cancer ( IF 72.5 ) Pub Date : 2020-02-17 , DOI: 10.1038/s41568-020-0240-7 Brent M Kuenzi 1 , Trey Ideker 1
Nature Reviews Cancer ( IF 72.5 ) Pub Date : 2020-02-17 , DOI: 10.1038/s41568-020-0240-7 Brent M Kuenzi 1 , Trey Ideker 1
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A key goal of cancer systems biology is to use big data to elucidate the molecular networks by which cancer develops. However, to date there has been no systematic evaluation of how far these efforts have progressed. In this Analysis, we survey six major systems biology approaches for mapping and modelling cancer pathways with attention to how well their resulting network maps cover and enhance current knowledge. Our sample of 2,070 systems biology maps captures all literature-curated cancer pathways with significant enrichment, although the strong tendency is for these maps to recover isolated mechanisms rather than entire integrated processes. Systems biology maps also identify previously underappreciated functions, such as a potential role for human papillomavirus-induced chromosomal alterations in ovarian tumorigenesis, and they add new genes to known cancer pathways, such as those related to metabolism, Hippo signalling and immunity. Notably, we find that many cancer networks have been provided only in journal figures and not for programmatic access, underscoring the need to deposit network maps in community databases to ensure they can be readily accessed. Finally, few of these findings have yet been clinically translated, leaving ample opportunity for future translational studies. Periodic surveys of cancer pathway maps, such as the one reported here, are critical to assess progress in the field and identify underserved areas of methodology and cancer biology.
中文翻译：
癌症系统生物学中的通路图普查。
癌症系统生物学的一个关键目标是使用大数据来阐明癌症发展的分子网络。然而，迄今为止，还没有系统地评估这些努力的进展程度。在本次分析中，我们调查了六种主要的系统生物学方法，用于绘制和建模癌症通路，并关注其生成的网络图覆盖和增强当前知识的程度。我们的 2,070 个系统生物学图谱样本捕获了所有文献整理的癌症途径，并具有显着的丰富性，尽管这些图谱的强烈趋势是恢复孤立的机制，而不是整个整合过程。系统生物学图谱还确定了以前未被充分认识的功能，例如人乳头瘤病毒诱导的染色体改变在卵巢肿瘤发生中的潜在作用，他们将新基因添加到已知的癌症途径中，例如与新陈代谢、Hippo 信号传导和免疫相关的那些途径。值得注意的是，我们发现许多癌症网络仅在期刊数据中提供，而不是用于程序访问，这强调了将网络图存入社区数据库以确保它们易于访问的必要性。最后，这些发现中很少有临床转化，为未来的转化研究留下了充足的机会。癌症通路图的定期调查，例如此处报告的调查，对于评估该领域的进展并确定方法学和癌症生物学服务不足的领域至关重要。我们发现许多癌症网络仅在期刊数据中提供，而不是用于程序访问，这强调了将网络图存放在社区数据库中以确保它们易于访问的必要性。最后，这些发现中很少有临床转化，为未来的转化研究留下了充足的机会。癌症通路图的定期调查，例如此处报告的调查，对于评估该领域的进展并确定方法学和癌症生物学服务不足的领域至关重要。我们发现许多癌症网络仅在期刊数据中提供，而不是用于程序访问，这强调了将网络图存放在社区数据库中以确保它们易于访问的必要性。最后，这些发现中很少有临床转化，为未来的转化研究留下了充足的机会。癌症通路图的定期调查，例如此处报告的调查，对于评估该领域的进展并确定方法学和癌症生物学服务不足的领域至关重要。
更新日期：2020-02-17
中文翻译：
癌症系统生物学中的通路图普查。
癌症系统生物学的一个关键目标是使用大数据来阐明癌症发展的分子网络。然而，迄今为止，还没有系统地评估这些努力的进展程度。在本次分析中，我们调查了六种主要的系统生物学方法，用于绘制和建模癌症通路，并关注其生成的网络图覆盖和增强当前知识的程度。我们的 2,070 个系统生物学图谱样本捕获了所有文献整理的癌症途径，并具有显着的丰富性，尽管这些图谱的强烈趋势是恢复孤立的机制，而不是整个整合过程。系统生物学图谱还确定了以前未被充分认识的功能，例如人乳头瘤病毒诱导的染色体改变在卵巢肿瘤发生中的潜在作用，他们将新基因添加到已知的癌症途径中，例如与新陈代谢、Hippo 信号传导和免疫相关的那些途径。值得注意的是，我们发现许多癌症网络仅在期刊数据中提供，而不是用于程序访问，这强调了将网络图存入社区数据库以确保它们易于访问的必要性。最后，这些发现中很少有临床转化，为未来的转化研究留下了充足的机会。癌症通路图的定期调查，例如此处报告的调查，对于评估该领域的进展并确定方法学和癌症生物学服务不足的领域至关重要。我们发现许多癌症网络仅在期刊数据中提供，而不是用于程序访问，这强调了将网络图存放在社区数据库中以确保它们易于访问的必要性。最后，这些发现中很少有临床转化，为未来的转化研究留下了充足的机会。癌症通路图的定期调查，例如此处报告的调查，对于评估该领域的进展并确定方法学和癌症生物学服务不足的领域至关重要。我们发现许多癌症网络仅在期刊数据中提供，而不是用于程序访问，这强调了将网络图存放在社区数据库中以确保它们易于访问的必要性。最后，这些发现中很少有临床转化，为未来的转化研究留下了充足的机会。癌症通路图的定期调查，例如此处报告的调查，对于评估该领域的进展并确定方法学和癌症生物学服务不足的领域至关重要。
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