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Label free shotgun proteomics for the identification of protein biomarkers for beef tenderness in muscle and plasma of heifers.
Journal of Proteomics ( IF 2.8 ) Pub Date : 2020-02-10 , DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103685 Sabrina Boudon 1 , Daoud Ounaissi 1 , Didier Viala 2 , Valérie Monteils 1 , Brigitte Picard 1 , Isabelle Cassar-Malek 1
Journal of Proteomics ( IF 2.8 ) Pub Date : 2020-02-10 , DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103685 Sabrina Boudon 1 , Daoud Ounaissi 1 , Didier Viala 2 , Valérie Monteils 1 , Brigitte Picard 1 , Isabelle Cassar-Malek 1
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Meat quality prediction is a priority for the beef industry. Label free shotgun proteomics was performed on Longissimus muscle and plasma from 20 crossbred Charolais x Aubrac beef heifers, classified as subgroups of 5 extreme tender and 5 extreme tough meat according to sensory evaluation, Warner Bratzler shear force, and a synthetic tenderness index. This technique identified 268 proteins in muscle and 136 in plasma. Among them, 71 muscle proteins and 21 plasma proteins discriminated tender and tough groups. These proteins were analyzed to select the most correlated and explicative ones which were used in a linear regression on the 20 heifers. The results validated in heifers 33 muscle proteins previously identified as related with tenderness, and revealed 38 new candidates. Twelve are localized in shear force or tenderness score QTL. Among them ACTN2, ADSSL1, GOT1, HPX, OGDH, OGN, TNNC1 and VCL are proposed as robust candidates with 3 other proteins known to be related with tenderness (MYBPH, CAPZB, MYH1). Examination of the plasma proteome showed 8 putative biomarkers (MYH7, CFH, ENO3, PLA2G2D5, FHL1, GAPDH, MASP2 and SERPINF2). Three of them (MYH7, ENO3 and FHL1) were identified as discriminative of tenderness both in Longissimus muscle and in plasma. SIGNIFICANCE: The label free proteomic approach used in this study allowed to complete the atlas of biomarkers for tenderness of the Longissimus muscle. This innovative proteomic approach applied on plasma samples allowed to identify circulating candidate biomarkers for beef tenderness. This low-invasive approach constitutes an interesting alternative to evaluate early the "beef meat potential" of living animals in farm or of the carcass in slaughterhouses.
中文翻译：
无标签shot弹枪蛋白质组学，用于鉴定小母牛肌肉和血浆中牛肉嫩度的蛋白质生物标志物。
肉品质量预测是牛肉行业的首要任务。在20个杂交的夏洛来牛x Aubrac牛小母牛上，对Longissimus肌肉和血浆进行无标记shot弹蛋白质组学分析，根据感官评估，Warner Bratzler剪切力和综合压痛指数将其分为5个极嫩肉和5个极硬肉的亚组。该技术鉴定出肌肉中的268种蛋白质和血浆中的136种蛋白质。其中，有71种肌肉蛋白和21种血浆蛋白区分了柔韧性和坚韧性。分析这些蛋白质以选择最相关和最明确的蛋白质，将其用于20个小母牛的线性回归。该结果在小母牛身上得到验证，先前鉴定出与压痛有关的33种肌肉蛋白，并揭示了38种新候选蛋白。十二个位于剪切力或压痛得分QTL中。其中ACTN2，ADSSL1，GOT1，HPX，OGDH，OGN，TNNC1和VCL被提议与其他3种已知与压痛有关的蛋白质（MYBPH，CAPZB，MYH1）一起用作健壮候选物。血浆蛋白质组的检查显示了8种假定的生物标记（MYH7，CFH，ENO3，PLA2G2D5，FHL1，GAPDH，MASP2和SERPINF2）。其中三个（MYH7，ENO3和FHL1）被识别为对Longissimus肌肉和血浆的压痛。重要性：本研究中使用的无标签蛋白质组学方法可以完成关于Longissimus肌肉压痛的生物标志物图集。这种应用于血浆样品的创新蛋白质组学方法可以鉴定出牛肉嫩度的循环候选生物标记。这种低侵入性的方法构成了一种有趣的替代方法，可以尽早评估“牛肉的潜力”
更新日期：2020-02-10
中文翻译：
无标签shot弹枪蛋白质组学，用于鉴定小母牛肌肉和血浆中牛肉嫩度的蛋白质生物标志物。
肉品质量预测是牛肉行业的首要任务。在20个杂交的夏洛来牛x Aubrac牛小母牛上，对Longissimus肌肉和血浆进行无标记shot弹蛋白质组学分析，根据感官评估，Warner Bratzler剪切力和综合压痛指数将其分为5个极嫩肉和5个极硬肉的亚组。该技术鉴定出肌肉中的268种蛋白质和血浆中的136种蛋白质。其中，有71种肌肉蛋白和21种血浆蛋白区分了柔韧性和坚韧性。分析这些蛋白质以选择最相关和最明确的蛋白质，将其用于20个小母牛的线性回归。该结果在小母牛身上得到验证，先前鉴定出与压痛有关的33种肌肉蛋白，并揭示了38种新候选蛋白。十二个位于剪切力或压痛得分QTL中。其中ACTN2，ADSSL1，GOT1，HPX，OGDH，OGN，TNNC1和VCL被提议与其他3种已知与压痛有关的蛋白质（MYBPH，CAPZB，MYH1）一起用作健壮候选物。血浆蛋白质组的检查显示了8种假定的生物标记（MYH7，CFH，ENO3，PLA2G2D5，FHL1，GAPDH，MASP2和SERPINF2）。其中三个（MYH7，ENO3和FHL1）被识别为对Longissimus肌肉和血浆的压痛。重要性：本研究中使用的无标签蛋白质组学方法可以完成关于Longissimus肌肉压痛的生物标志物图集。这种应用于血浆样品的创新蛋白质组学方法可以鉴定出牛肉嫩度的循环候选生物标记。这种低侵入性的方法构成了一种有趣的替代方法，可以尽早评估“牛肉的潜力”
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