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Disruption of chromatin folding domains by somatic genomic rearrangements in human cancer.
Nature Genetics ( IF 31.7 ) Pub Date : 2020-02-05 , DOI: 10.1038/s41588-019-0564-y Kadir C Akdemir 1 , Victoria T Le 2 , Sahaana Chandran 2 , Yilong Li 3 , Roel G Verhaak 4 , Rameen Beroukhim 5, 6, 7, 8 , Peter J Campbell 3, 9 , Lynda Chin 10 , Jesse R Dixon 2 , P Andrew Futreal 1 , ,
Nature Genetics ( IF 31.7 ) Pub Date : 2020-02-05 , DOI: 10.1038/s41588-019-0564-y Kadir C Akdemir 1 , Victoria T Le 2 , Sahaana Chandran 2 , Yilong Li 3 , Roel G Verhaak 4 , Rameen Beroukhim 5, 6, 7, 8 , Peter J Campbell 3, 9 , Lynda Chin 10 , Jesse R Dixon 2 , P Andrew Futreal 1 , ,
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Chromatin is folded into successive layers to organize linear DNA. Genes within the same topologically associating domains (TADs) demonstrate similar expression and histone-modification profiles, and boundaries separating different domains have important roles in reinforcing the stability of these features. Indeed, domain disruptions in human cancers can lead to misregulation of gene expression. However, the frequency of domain disruptions in human cancers remains unclear. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), which aggregated whole-genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types, we analyzed 288,457 somatic structural variations (SVs) to understand the distributions and effects of SVs across TADs. Notably, SVs can lead to the fusion of discrete TADs, and complex rearrangements markedly change chromatin folding maps in the cancer genomes. Notably, only 14% of the boundary deletions resulted in a change in expression in nearby genes of more than twofold.
中文翻译：
人类癌症中体细胞基因组重排对染色质折叠结构域的破坏。
染色质折叠成连续的层以组织线性 DNA。相同拓扑关联域 (TAD) 内的基因表现出相似的表达和组蛋白修饰谱，分隔不同域的边界在增强这些特征的稳定性方面具有重要作用。事实上，人类癌症中的结构域破坏可能导致基因表达的失调。然而，人类癌症中结构域破坏的频率仍不清楚。在这里，作为国际癌症基因组联盟 (ICGC) 的泛癌症全基因组分析 (PCAWG) 联盟和癌症基因组图谱 (TCGA) 的一部分，该联盟汇总了 38 种肿瘤类型的 2,658 种癌症的全基因组测序数据，我们分析了 288,457 个体细胞结构变异 (SV)，以了解 SV 在 TAD 中的分布和影响。值得注意的是，SV 可以导致离散 TAD 的融合，而复杂的重排会显着改变癌症基因组中的染色质折叠图谱。值得注意的是，只有 14% 的边界缺失导致附近基因的表达变化超过两倍。
更新日期：2020-02-05
中文翻译：
人类癌症中体细胞基因组重排对染色质折叠结构域的破坏。
染色质折叠成连续的层以组织线性 DNA。相同拓扑关联域 (TAD) 内的基因表现出相似的表达和组蛋白修饰谱，分隔不同域的边界在增强这些特征的稳定性方面具有重要作用。事实上，人类癌症中的结构域破坏可能导致基因表达的失调。然而，人类癌症中结构域破坏的频率仍不清楚。在这里，作为国际癌症基因组联盟 (ICGC) 的泛癌症全基因组分析 (PCAWG) 联盟和癌症基因组图谱 (TCGA) 的一部分，该联盟汇总了 38 种肿瘤类型的 2,658 种癌症的全基因组测序数据，我们分析了 288,457 个体细胞结构变异 (SV)，以了解 SV 在 TAD 中的分布和影响。值得注意的是，SV 可以导致离散 TAD 的融合，而复杂的重排会显着改变癌症基因组中的染色质折叠图谱。值得注意的是，只有 14% 的边界缺失导致附近基因的表达变化超过两倍。
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