Abstract• Castanopsis sieboldii var. sieboldii is an evergreen broadleaved canopy tree that grows on Honshu, Shikoku and Kyushu Islands in Japan. A closely-related, hybridizing, congener species, C. cuspidata var. cuspidata, has different leaf epidermis structure and different seed nuts morphology compared to C. sieboldii var. sieboldii. Furthermore, the habitats in which the two species grow often indicate different water requirements.• Analysis of genetic diversity, using transcribed sequences, will provide a sound basis for the management of this species, allowing successful reforestation, incorporating phylogeographic conservation. In order to obtain transcripts sequences for the species and to develop transcript-based markers, we constructed and analyzed a cDNA library, surveyed microsatellite sequences within it and designed PCR primers for the microsatellites.• The cDNA library was constructed using tissue from the inner bark of C. sieboldii var. sieboldii; 3 354 Expressed Sequence Tags (ESTs) were identified. We constructed 2 417 putative unigenes and assigned putative functions to 1 856 of them. Three hundred and fourteen microsatellites were found within the putative unigenes and 16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) markers were developed. The EST-SSR markers developpe in this study should facilitate future analysis of the genetic diversity of this and related species.Résumé• Castanopsis sieboldii var. sieboldii est un feuillu sempervirent qui pousse sur les îles japonaises de Honshu, Shikoku et Kyushu. C. cuspidata var. cuspidata une espèce congénère, étroitement liée, hybridée, a une structure de l’épiderme des feuilles différente et une morphologie différente des noix semences par rapport à C. sieboldii var. sieboldii. En outre, les habitats dans lesquels les deux espèces poussent indiquent souvent des besoins en eau différents.• L’analyse de la diversité génétique, en utilisant des séquences transcrites, fournira une base solide pour la gestion de cette espèce, ce qui permettra le succès des reboisements, en intégrant une conservation phylogéographique. Afin d’obtenir les transcriptions des séquences de l’espèce et de mettre au point des marqueurs à base de transcription, nous avons construit et analysé une banque d’ADNc, étudié des séquences microsatellites et conçu des amorces PCR pour les microsatellites.• La banque d’ADNc a été construite en utilisant les tissus de l’écorce interne de C. sieboldii var. sieboldii, 3 354 marqueurs de séquences exprimées (EST) ont été identifiés. Nous avons construit 2 417 unigènes putatifs et assigné des fonctions putatives à 1 856 d’entre eux. Trois cents quatorze microsatellites ont été trouvés à l’intérieur des unigènes putatifs et 16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) marqueurs ont été développés. Les marqueurs EST-SSR développés dans cette étude devraient faciliter l’analyse future de la diversité génétique de cette espèce et des espèces apparentées.

中文翻译：

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表达序列标签的生成和微卫星标记的开发为 Castanopsis sieboldii var. 山毛榉（壳斗科）

摘要• Castanopsis sieboldii var. sieboldii 是一种常绿阔叶树冠树，生长在日本的本州、四国和九州群岛。一个密切相关的、杂交的、同源物种，C. cuspidata var。cuspidata 与 C. sieboldii var. 相比，具有不同的叶表皮结构和不同的种子坚果形态。西博尔迪。此外，这两个物种生长的栖息地通常表明不同的水需求。• 使用转录序列分析遗传多样性将为该物种的管理提供良好的基础，从而成功地重新造林，并结合系统地理学保护。为了获得该物种的转录本序列并开发基于转录本的标记，我们构建并分析了一个 cDNA 文库，调查了其中的微卫星序列并设计了微卫星的 PCR 引物。• 使用来自 C. sieboldii var. 内皮的组织构建了 cDNA 文库。西伯尔迪；鉴定了 3 354 个表达序列标签 (EST)。我们构建了 2 417 个假定的 unigenes，并将假定的功能分配给了其中的 1 856 个。在推定的 unigenes 中发现了 314 个微卫星，并开发了 16 个 EST-SSR（简单序列重复）标记。本研究中开发的 EST-SSR 标记将有助于进一步分析该物种和相关物种的遗传多样性。简历• 栲 (Castanopsis sieboldii var.)。sieboldii est un feuillu sempervirent qui pousse sur les îles japonaises de Honshu, Shikoku et Kyushu。C. cuspidata 变种。cuspidata une espèce congénère, étroitement liée, hybridée, a une structure de l'épiderme des feuilles différente et une morphologie différente des noix semences par rapport à C. sieboldii var. 西博尔迪。En outre, les hats dans lesquels les deux espèces poussent indiquent souvent des besoins en eau différents.• L'analysis de la diversité génétique, en utilisant des séquences transcrites,fournira une base solideette pour la gespèce des reboisements, en intégrant une protection phylogéographique。Afin d'obtenir lestranscriptions des séquences de l'espèce et demettre au point des marqueurs à base detranscription, nous avons construit et analysé une banque d'ADNc, étudié des séquences microsatellites et conçu des amorcesatell PCRites. banque d'ADNc a été contruite en utilisant les tissus de l'écorce interne de C. sieboldii var. 西博尔迪，3 354 个 marqueurs de séquences exprimées (EST) ont été identifiés。Nous avons construit 2 417 unigènes putatifs etassigné des fonctions putatives à 1 856 d'entre eux。Trois cents quatorze microsatellites ont été trouvés à l'intérieur des unigènes putatifs et 16 EST-SSR (Simple Sequence Repeat) marqueurs ont été développés。Les marqueurs EST-SSR développés dans cette étude devraient faciliter l'analysis future de la diversité génétique de cette espèce et des espèces明显。