Abstract. Australia and Southeast Asia are hotspots of global diversity in the fruit-fly genus Bactrocera. Although a great diversity of species has been long recognised, evolutionary relationships are poorly understood, largely because previous sequencing techniques have provided insufficient historical signal for phylogenetic reconstruction. Poorly understood biogeographic history in Bactrocera has prevented a deeper understanding of migratory patterns in this economically important pest group. Using representatives from Australia and Malaysia, we tested the utility of a genome-reduction approach that generates thousands of single-nucleotide polymorphisms for phylogenetic reconstructions. This approach has high utility for species identification because of the ease of sample addition over time, and the species-level specificity able to be achieved with the markers. These data have provided a strongly supported phylogenetic tree congruent with topologies generated using more intensive sequencing approaches. In addition, our results do not support taxonomic assignments to species complex for a number of species, such as B. endiandrae in the dorsalis complex, yet find a close relationship between B. pallida and the dorsalis species. Our data have further validated non-monophyletic evolution of male response to primary attractants. We also showed at least two diversification events between Australia and Southeast Asia, indicating trans-regional dispersal in important pest species.

中文翻译：

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一种揭示澳大利亚实蝇物种复合体（双翅目：实蝇科）进化关系的全基因组方法

摘要。澳大利亚和东南亚是果蝇属 Bactrocera 的全球多样性热点。尽管长期以来人们已经认识到物种的多样性，但对进化关系知之甚少，主要是因为以前的测序技术为系统发育重建提供的历史信号不足。对 Bactrocera 的生物地理历史知之甚少，阻碍了对这一具有重要经济意义的害虫群体的迁徙模式的更深入了解。我们使用来自澳大利亚和马来西亚的代表测试了基因组减少方法的效用，该方法可生成数千个用于系统发育重建的单核苷酸多态性。这种方法在物种鉴定方面具有很高的实用性，因为随着时间的推移很容易添加样品，以及能够通过标记实现的物种水平特异性。这些数据提供了强烈支持的系统发育树，与使用更密集的测序方法生成的拓扑一致。此外，我们的结果不支持对许多物种的物种复合体进行分类分配，例如背侧复合体中的 B. endiandrae，但发现 B. pallida 和背侧物种之间存在密切关系。我们的数据进一步验证了雄性对初级引诱剂反应的非单系进化。我们还展示了澳大利亚和东南亚之间至少有两个多样化事件，表明重要害虫物种的跨区域扩散。此外，我们的结果不支持对许多物种的物种复合体进行分类分配，例如背侧复合体中的 B. endiandrae，但发现 B. pallida 和背侧物种之间存在密切关系。我们的数据进一步验证了雄性对初级引诱剂反应的非单系进化。我们还展示了澳大利亚和东南亚之间至少有两个多样化事件，表明重要害虫物种的跨区域扩散。此外，我们的结果不支持对许多物种的物种复合体进行分类分配，例如背侧复合体中的 B. endiandrae，但发现 B. pallida 和背侧物种之间存在密切关系。我们的数据进一步验证了雄性对初级引诱剂反应的非单系进化。我们还展示了澳大利亚和东南亚之间至少有两个多样化事件，表明重要害虫物种的跨区域扩散。