Soil is a complex and dynamic network of different biological processes linked in an intricate manner to facilitate effective ecosystem functioning. Microbial diversity and its functioning are crucial to effective ecosystem working and its sustenance. Metagenomic studies undertaken to-date have illustrated the tremendous diversity of both culturable and unculturable microbiome in specific ecosystems, but their exact role in ecosystem functioning needs to be addressed. This can be undertaken by studying the protein repertoire in the ecosystem, which are the direct and undeviating key players in the ongoing metabolic processes. Metaproteomics, an emerging science, tries to snapshot the entire proteins present in a specific environment at a particular time interval. It links the phylogeny and functionality of soil microorganisms, describing not only at the level of the individual dominant organism, but also at the community level, therefore, profiling microbial enzymes may be a sensitive indicator of the soil ecosystem. With the emergence of high-performance mass spectrometry, the approach to mine these functional complex soil microbiomes became feasible; however, it is hindered by the presence of innumerable interfering molecules present in the soil samples. This review focuses on recent developments in soil metaproteomics, particularly, in terms of protein extraction methodologies and mass spectrometry-based measurements, as well as their applications in soil based approaches to decipher the underlying processes responsible for differential functioning in diverse environments.

土壤是一个复杂而动态的网络，由不同的生物过程组成，它们以复杂的方式联系在一起，以促进有效的生态系统功能。微生物多样性及其功能对于有效的生态系统工作及其维持至关重要。迄今为止进行的元基因组学研究表明，在特定的生态系统中可培养和不可培养的微生物组存在着巨大的多样性，但需要解决它们在生态系统功能中的确切作用。这可以通过研究生态系统中的蛋白质库来进行，蛋白质库是正在进行的代谢过程中的直接且不可改变的关键参与者。元蛋白质组学是一门新兴科学，它试图以特定的时间间隔对特定环境中存在的全部蛋白质进行快照。它联系了土壤微生物的系统发育和功能，因此，不仅要在单个优势生物的层面上进行描述，而且要在社区层面上进行描述，因此，分析微生物酶可能是土壤生态系统的敏感指标。随着高性能质谱仪的出现，开采这些功能复杂的土壤微生物组的方法变得可行。但是，土壤样品中存在无数干扰分子的存在阻碍了这一过程。这篇综述着重于土壤元蛋白质组学的最新发展，特别是在蛋白质提取方法和基于质谱的测量方面，以及它们在基于土壤的方法中的应用，以破译造成不同环境中不同功能的基础过程。分析微生物酶可能是土壤生态系统的敏感指标。随着高性能质谱仪的出现，开采这些功能复杂的土壤微生物组的方法变得可行。但是，土壤样品中存在无数干扰分子的存在阻碍了这一过程。这篇综述着重于土壤元蛋白质组学的最新发展，特别是在蛋白质提取方法和基于质谱的测量方面，以及它们在基于土壤的方法中的应用，以破译造成不同环境中不同功能的基础过程。分析微生物酶可能是土壤生态系统的敏感指标。随着高性能质谱仪的出现，开采这些功能复杂的土壤微生物组的方法变得可行。但是，土壤样品中存在无数干扰分子的存在阻碍了这一过程。这篇综述着重于土壤元蛋白质组学的最新发展，特别是在蛋白质提取方法和基于质谱的测量方面，以及它们在基于土壤的方法中的应用，以破译造成不同环境中不同功能的基础过程。开采这些功能复杂的土壤微生物的方法变得可行。但是，土壤样品中存在无数干扰分子的存在阻碍了这一过程。这篇综述着重于土壤元蛋白质组学的最新发展，特别是在蛋白质提取方法和基于质谱的测量方面，以及它们在基于土壤的方法中的应用，以破译造成不同环境中不同功能的基础过程。开采这些功能复杂的土壤微生物的方法变得可行。但是，土壤样品中存在无数干扰分子的存在阻碍了这一过程。这篇综述着重于土壤元蛋白质组学的最新进展，特别是在蛋白质提取方法和基于质谱的测量方面，以及它们在基于土壤的方法中的应用，这些方法用于解释造成多种环境中不同功能的基础过程。