Fish gut microbiome confers various effects to the host fish; this includes overall size, metabolism, feeding behaviour and immune response in the fish. The emergence of antimicrobial‐resistant (AMR) bacteria and hard to cure fish diseases warrant the possible utilization of gut microbes that exhibits a positive effect on the fish and thus lead to the usage of these microbes as probiotics. The widespread and systematic use of antibiotics has led to severe biological and ecological problems, especially the development of antibiotic resistance that affects the gut microbiota of aquatic organisms. Probiotics are proposed as an effective and environmentally friendly alternative to antibiotics, known as beneficial microbes. At the same time, prebiotics are considered beneficial to the host's health and growth by decreasing the prevalence of intestinal pathogens and/or changing the development of bacterial metabolites related to health. Uprise of sequencing technology and the development of intricate bioinformatics tools has provided a way to study these gut microbes through metagenomic analysis. From various metagenomic studies, ample of information was obtained; such information includes the effect of the gut microbiome on the physiology of fish, gut microbe composition of different fish, factors affecting the gut microbial composition of the fish and the immunological effect of gut microbes in fish; such this information related to the fish gut microbiome, their function and their importance in aquaculture is discussed in this review.

中文翻译：

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水产养殖中肠道菌群宏基因组学：影响肠道微生物组的因素及其在鱼类中的生理作用

鱼肠微生物组赋予寄主鱼多种影响；这包括鱼的整体大小，新陈代谢，摄食行为和免疫反应。抗菌素（AMR）细菌的出现和难以治愈的鱼类疾病保证了可能利用肠道微生物对鱼类产生积极影响，因此导致将这些微生物用作益生菌。抗生素的广泛和系统使用已导致严重的生物学和生态问题，尤其是影响水生生物肠道菌群的抗生素耐药性的发展。益生菌被认为是一种有效且环保的替代抗生素，被称为有益微生物。同时，益生元被认为对宿主有益 通过减少肠道病原体的流行和/或改变与健康有关的细菌代谢产物的发展来实现健康和生长。测序技术的兴起和复杂生物信息学工具的发展提供了一种通过宏基因组学分析研究这些肠道微生物的方法。从各种宏基因组学研究中，可以获得大量信息。这些信息包括肠道微生物组对鱼类生理的影响，不同鱼类的肠道微生物组成，影响鱼类肠道微生物组成的因素以及鱼类肠道微生物的免疫学作用；在这篇综述中讨论了与鱼类肠道微生物组，其功能及其在水产养殖中的重要性有关的此类信息。测序技术的兴起和复杂生物信息学工具的发展提供了一种通过宏基因组学分析研究这些肠道微生物的方法。从各种宏基因组学研究中，可以获得大量信息。这些信息包括肠道微生物组对鱼类生理的影响，不同鱼类的肠道微生物组成，影响鱼类肠道微生物组成的因素以及鱼类肠道微生物的免疫学作用；在这篇综述中讨论了与鱼类肠道微生物组，其功能及其在水产养殖中的重要性有关的此类信息。测序技术的兴起和复杂生物信息学工具的发展提供了一种通过宏基因组学分析研究这些肠道微生物的方法。从各种宏基因组学研究中，可以获得大量信息。这些信息包括肠道微生物组对鱼类生理的影响，不同鱼类的肠道微生物组成，影响鱼类肠道微生物组成的因素以及鱼类肠道微生物的免疫学作用；在这篇综述中讨论了与鱼类肠道微生物组，其功能及其在水产养殖中的重要性有关的此类信息。这些信息包括肠道微生物组对鱼类生理的影响，不同鱼类的肠道微生物组成，影响鱼类肠道微生物组成的因素以及鱼类肠道微生物的免疫学作用；在这篇综述中讨论了与鱼类肠道微生物组，其功能及其在水产养殖中的重要性有关的此类信息。这些信息包括肠道微生物组对鱼类生理的影响，不同鱼类的肠道微生物组成，影响鱼类肠道微生物组成的因素以及鱼类肠道微生物的免疫学作用；在这篇综述中讨论了与鱼类肠道微生物组，其功能及其在水产养殖中的重要性有关的此类信息。