A relatively large repertoire of type I interferon (IFN) genes is apparent in rainbow trout/Atlantic salmon, that includes six different IFN subgroups (IFNa-IFNf) belonging to the three known type I IFN groups (1-3) in bony fish. Whether this is true for other salmonids, and how the various type I subgroups evolved in teleost fish was studied using the extensive genomic resources available for fish. This confirmed that salmonids, at least the Salmoninae, indeed have a complex (in terms of IFN subgroups present) and large (number of genes) IFN repertoire relative to other teleost fish. This is in part a consequence of the salmonid 4 R WGD that duplicated the growth hormone (GH) locus in which type I IFNs are generally located. Divergence of the IFN genes at the two GH loci was apparent but was not seen in common carp, a species that also underwent an independent 4 R WGD. However, expansion of IFN gene number can be found at the CD79b locus of some perciform fish (both freshwater and marine), with expansion of the IFNd gene repertoire. Curiously the primordial gene order of GH-IFNc-IFNb-IFNa-IFNe is largely retained in many teleost lineages and likely reflects the tandem duplications that are taking place to increase IFN gene number. With respect to the evolution of the IFN subgroups, a complex acquisition and/or loss has occurred in different teleost lineages, with complete loss of IFN genes at the GH or CD79b locus in some species, and reduction to a single IFN subgroup in others. It becomes clear that there are many variations to be discovered regarding the mechanisms by which fish elicit protective (antiviral) immune responses.

中文翻译：

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骨鱼中IFN亚组的进化-2.分析硬骨鱼中亚组的出现和扩展，重点是鲑鱼。

在虹鳟鱼/大西洋鲑鱼中，I型干扰素（IFN）基因相对较大，这很明显，其中包括六个不同的IFN亚组（IFNa-IFNf），它们属于骨鱼中三个已知的I型IFN组（1-3）。使用广泛的鱼类基因组资源，研究了其他鲑鱼是否属实，以及硬骨鱼中各种I型亚群如何进化。这证实了鲑鱼，至少是鲑鱼，确实具有相对于其他硬骨鱼而言复杂的（就存在的IFN亚组而言）和大的（基因数量）IFN库。这部分是由于鲑鱼4 R WGD复制了通常位于I型IFN的生长激素（GH）基因座所致。在两个GH基因座上，IFN基因的差异很明显，但在鲤鱼中却看不到，也经历了独立的4 R WGD的物种。但是，在某些鲈形目鱼类（淡水和海水鱼类）的CD79b基因座处，随着IFNd基因库的扩大，可以发现IFN基因数量的增加。奇怪的是，GH-IFNc-IFNb-IFNa-IFNe的原始基因顺序在许多硬骨鱼谱系中基本保留下来，并且很可能反映了增加IFN基因数量的串联重复。关于IFN亚群的进化，在不同的硬骨鱼谱系中发生了复杂的获取和/或丧失，在某些物种中GH或CD79b基因座处的IFN基因完全丧失，而在另一些物种中减少为单个IFN亚群。显然，关于鱼类引发保护性（抗病毒）免疫应答的机制，有许多变化被发现。可以在一些鲈形目鱼类（淡水和海水）的CD79b基因座处发现IFN基因数目的扩展，同时IFNd基因库也有所增加。奇怪的是，GH-IFNc-IFNb-IFNa-IFNe的原始基因顺序在许多硬骨鱼谱系中基本保留下来，并且很可能反映了增加IFN基因数量的串联重复。关于IFN亚群的进化，在不同的硬骨鱼谱系中发生了复杂的获取和/或丧失，在某些物种中GH或CD79b基因座处的IFN基因完全丧失，而在另一些物种中减少为单个IFN亚群。显然，关于鱼类引发保护性（抗病毒）免疫应答的机制，有许多变化被发现。可以在一些鲈形目鱼类（淡水和海水）的CD79b基因座处发现IFN基因数目的扩展，同时IFNd基因库也有所增加。奇怪的是，GH-IFNc-IFNb-IFNa-IFNe的原始基因顺序在许多硬骨鱼谱系中基本保留下来，并且很可能反映了增加IFN基因数量的串联重复。关于IFN亚群的进化，在不同的硬骨鱼谱系中发生了复杂的获取和/或丧失，在某些物种中GH或CD79b基因座处的IFN基因完全丧失，而在另一些物种中减少为单个IFN亚群。显然，关于鱼类引发保护性（抗病毒）免疫应答的机制，有许多变化被发现。